generalized procrustes analysis

多変量解析の1つ 多検体・多変量情報があったときに、それを一括して処理して、多検体の「平均」を求める 多変量情報については、値の伸び縮みをさせたりする 空間座標が多変量情報の場合には、回転させたりもする そのようにして、「位置合わせ」をして、…

正準相関解析、stats::cancor()とcandisc::cancor()

解説記事

ランダム行列の基礎

このPDFに沿って、ランダム行列の基礎を学ぶ。 こちらのサイトにあるように"One of the main questions on this subject is: given a matrix M whose entries are taken randomly from a known distribution, what would the distribution for its eigenvalu…

ぱらぱらめくる『ディープラーニングと物理学』

ディープラーニングと物理学 原理がわかる、応用ができる (KS物理専門書) [ 田中 章詞 ]ジャンル: 本・雑誌・コミック > PC・システム開発 > その他ショップ: 楽天ブックス価格: 3,456円 第1章 はじめに:機械学習と物理学 第1部 物理から見るディープラ…

個人に複数の観察

lmer とか GEEとかもあるけれど、単純に回帰してもよい?

ぱらぱらめくる『量子ウォーク』

量子ウォーク [ 今野紀雄 ]ジャンル: 本・雑誌・コミック > 科学・医学・技術 > 物理学ショップ: 楽天ブックス価格: 4,860円 量子は複数の状態を持ちうる 例えば2状態なら上向きスピンと下向きスピンとか 複数の状態を持つ量子がランダムウォークするとき、…

データの型・タイプ・欠測値・データの取得方法

KLd(Q||P) vs KLd(P||Q)

Some information is here wiseodd.github.io genotype frequency estimation under the restiction of HWE : .

ぱらぱらめくる『エントロピーの幾何学』

エントロピーの幾何学 (シリーズ 情報科学における確率モデル 5) [ 田中 勝 ]ジャンル: 本・雑誌・コミック > PC・システム開発 > その他ショップ: 楽天ブックス価格: 3,240円 目次 まえがき 第1章 本書の構成 第2章 測度と確率 第3章 アファイン空間~…

GEOquery

講義用資料 参考にさせていただいたのはこちら gist.github.com

ぱらぱらめくる『偶然の輝き』ブラウン運動を巡る2000年

偶然の輝き ブラウン運動を巡る2000年 [ 池田 信行 ]ジャンル: 本・雑誌・コミック > 科学・医学・技術 > 数学ショップ: 楽天ブックス価格: 3,780円 目次 第1章 偶然の中に潜む法則 第2章 偶然を語る数学の始まり 第3章 ブラウン運動をめぐる新たな話の始…

正規分布とカイ二乗分布

R資料

二項分布と尤度

R資料

ぱらぱらめくる『Free Probability and Random Matrices』

Free Probability and Random Matrices【電子書籍】[ James A. Mingo ]ジャンル: 本・雑誌・コミック > 洋書 > COMPUTERS & SCIENCEショップ: 楽天Kobo電子書籍ストア価格: 10,691円 姉妹編[http://users.uoa.gr/~dcheliotis/Seminario/FPSeminar.pdf:title…

複体と代数的確率変数

この文書(non-commutative probability theory for topological data analysis)をぱらぱらめくっている こちらで、グラフのスペクトル解析と代数的確率論についてメモした この文書は、、もう少し踏み込んで、単体的複体、その先にあるトポロジカルデータア…

グラフ・スペクトル解析と代数的確率論のための雑多なメモ

グラフを考える 無向グラフと有向グラフがある。有向グラフの中にはとくにDirected Acyclic Graph(DAG)と呼ばれるものがあり半順序・ポセットと関係がある グラフのノード集合は量子力学では、量子の取りうる「場所のようなもの」を表しており、ノード集合に…

cmdscale()関数で遊ぶ

はてなブログの目次のつけかた

まさにコノ記事

ぱらぱらめくる『Quantum Probability and Spectral Analysis of Graphs』

目次 Preface 1 Quantum Probability and Orthogonal Polynomials 2 Adjacency Matrices 3 Distance-Regular Graphs 4 Homogeneous Trees 5 Hamming Graphs 6 Johnson Graphs 7 Regular Graphs 8 Comb Graphs and Star Graphs 9 The Symmetric Group and You…

量子力学と*-代数と状態

代数的確率論をやっていると、それが量子確率論なのだが、物理との関連がわからなくなるので、ちょっとメモ 量子力学では、物理量は行列であらわされる。その物理量の行列は*-代数の1要素である 量子確率論・代数的確率論では、*-代数と状態関数のペアで考…

ぱらぱらめくる『量子確率論の基礎』

量子確率論の基礎 (数理情報科学シリーズ)作者: 明出伊類似,尾畑伸明出版社/メーカー: 牧野書店発売日: 2003/09/01メディア: 単行本この商品を含むブログを見る こちらで、この本の著者が同じ興味で書かれているらしいpdfをぱらぱらめくってメモをした 重複…

ぱらぱらめくる『非可換確率論における独立性と無限分解可能分布』

こちらのpdfを眺める 1 非可換確率論(を読むと、大意は取れるようです…。大意が取れれば良いので、そこで終わりにするかもしれません) 名前の由来 量子力学では、物理量を非可換な作用素として扱う。消滅したり、生成したり、相互作用して変化したりが起…

密度行列、トレース、確率

昨日に引き続き代数的確率論 代数的確率論では、エルミート行列が実確率変数に対応する、という話がある 有名な例としてパウリ行列, ,,の線形和としてエルミート行列を作る、というものがある このような確率変数があったときに、この確率変数がある状態を取…

隣接行列は代数的確率変数である

量子確率論とその応用と言うpdfを読んでいる 確率変数を*-代数と状態と呼ばれる関数とのペアとして表現する話であり、量子力学で使われてきているらしい それをグラフに応用することができる こちらに、冒頭のpdfの前半についてメモをした。代数的確率論とそ…

2x3 表のパワー計算の視覚化

古典確率空間と代数的確率空間

こちらで自由確率論・量子確率論というのを勉強するために少し書いた こちらの文書を読んでいたのだが、「古典確率空間」と「代数的確率空間」との関係が理解できなくて全く前に進めなくなった。同文書の冒頭に『.代数的確率空間は, 古典確率論における確率…

Triangle plot of HWE

Sum-of-Chi-squares

Sum-of-Chi-square統計量と言うのがあって、それを遺伝子ごとの関連シグナル検出に使う、という話がある(こちら journals.plos.org ) ちょっと主旨は変わるが、1SNPの2x3テーブルに対して、優性・劣性・相加の3検定を実施してそのカイ二乗統計量の和…

自由確率論・量子確率論・確率変数の量子分解

いわゆる確率論と違う確率論として「自由確率論」とか「量子確率論」と呼ばれるものがあるらしい いわゆる確率論が確率変数が取る値が集合の要素であって、集合の要素に非負な確率密度(確率質量)があって、それを全部積分して1になる、というものなのに対…

パラパラめくる『Nature Reviews Genetics』2018

12月号 マウスのシングルセルアトラス的解析(100000細胞の1細胞トランスクリプトーム),tSNE 実験介入して癌のQuantitative biology解析、かつ、ヘテロな細胞構成としての癌 3Dゲノム構造 11月号 RNA velocity method ("RNA velocity that leverages nascent …