Haploviewの"xxx.ped" ファイルと"xxx.info"ファイルとがある場合に、そのファイルのあるディレクトリを指定し、haplo.statsの"haplo.em"関数の実行用ファイルを作成するperlのコード Ｒコンソール上で、上記ファイルを読み込み、haplo.emの結果を表示する関…

推定アルゴリズム ＥＭベース ＥＭとの相違は、 推定の過程で、設定閾値に満たない頻度のハプロタイプを除去する 推定の初めから、全多型の作るハプロタイプ空間を相手にせずに、解析多型数を増やしながら進める(SNPHAP by David Clayton http://www-gene.ci…

haplo.statsは、S-PLUS/Rのプログラム群で、フェーズ未知のdiploidジェノタイプデータから、ハプロタイプ推定を行い、その推定結果を用いて、関心フェノタイプとの関連を検定する。 エッセンスはこのページno title 詳細はこちらno title パッケージ"haplo.s…

実行条件パラメタ リスト 多型を順次組み入れながら進めるが、その組み入れにあたっての順序(loci.insert.order) 多型の組み入れにあたって、一度にまとめて組み入れる多型の数(insert.batch.size) 稀すぎるハプロタイプを省きつつ進むが、その閾値事後確率(…