2005-10-02から1日間の記事一覧

Zollner S et al. (2004)の論文

論文はこちら ソフトウェアTreeLDのダウンロードはこちらから ベイズ ケース・コントロールを併せてARGを構成する Chromosomal sharing backwards in time ARGの複雑なグラフ構造の起源はrecombinationであり、recombinationの影響を受けていない限局…

Morris, A.P. et al.(2002)の論文

論文はこちら Rannalaと似ている部分は多い 差は Intra-Allelic Coalescent Model か Shattered Coalescent Modelか 後者では、変数を用いて、樹形図を複数の木に分離し(現実世界のハプロタイプの継承関係に近づけている(ことにしている)) 複数の責任変異を…

Liu, J.S. et al.(2001)の論文

論文はこちら ベイズを使った確率モデル 責任変異の位置とAncestral haplotypesを推定する 近接領域に複数の責任変異を推定する 物理距離と遺伝的距離には既知の換算式(Haldane's map function)を使用 組換えの発生はPoisson過程を使用 それぞれの責任変異の…

McPeek,M.S. et al.(1999)の論文

論文はこちら 領域にマーカーが分布している 領域には組換え率が変数として与えられる。この組換え率変数は推定の対象となる 世代を遡ったハプロタイプからある線分(マーカーによって区切られる)を継承しているということを次のように条件付ける 継承線分両…

Morris, A.P. et al.(2000)の論文

論文はこちら 隠れマルコフについてはMcPeekの論文の記載を参照 MCMCについての記載はLiuの論文の記載を参照 セクションを切って記載してあるのは マーカーに変異を許すこと Phenocopyを取り扱うこと 組換え率の分布を位置によって非均一にできること

Lam, J.D et al.(2000)の論文

論文はこちら 木の作成は単純。その木が正しいものとして、責任変異の位置を尤度を用いて推定する方法 領域にマーカーが分布している 隣同士のマーカーが作る線分(2マーカーによるハプロタイプ)を対象にする 疾患責任変異は、いずれかのマーカー間に存在する…

Fine-scale Mapping with Coalescent Model

Lam, J.D. et al.(2000) 論文はこちら 記事はこちら Parsimony と尤度 星型樹形図 Morris, A.P. et al.(2000) 論文はこちら 記事はこちら ベイズ 隠れマルコフ過程(簡易解説はこちら) MCMCによる事後確率推定 星型樹形図 McPeek,M.S. et al.(1999) 論文はこ…

Coalescentのイントロダクション

Coalescentとは 英単語としては「癒合した」とか「合体した」とかいう意味 あるDNA断片とあるDNA断片との関係がcoalescentというのは、2本のDNA断片を過去に遡ると、同一のDNAに癒合するという意味 あるDNA断片(染色体の一部)は、新規の変異…

Larribe et al. (2002)の論文

論文はこちら ベイズでARGを推定後、その樹に基づいて責任ローカスをシミュレーションベースで推定する

Fearnhead et al. (2001)の論文

論文はこちら ソフトウェアはこちら Full likelihoodでARGを推定後、その樹に基づいてMCMCでrecombination rateを推定する

Quasi-Score,Quasi-Likelihood

元記事はこちら Score(スコア)もLikelihood(尤度)もそれを使って、「最尤推定値」を求めるもの(こちらも参考)なわけだけれど、ScoreにしろLikelihoodにしろ、うまいこと直接算出できないときにQuasi-Score,Quasi-Likelihoodを算出してそれをScore,Likelihood…

Intra-Allelic Coalescent Model

参考文献はこちら ハプロタイプ系統樹において、あるアレルをもたらす変異に着目する。その変異を持つハプロタイプが作る木は、その変異を持たないハプロタイプが作る木と、その変異に相当するエッジのみにて連結であるような木を想定したCoalescent過程を I…

Rannala, B et al.(2001)の論文

論文はこちら ベイズ、MCMCなどについては前後の論文記事を参照のこと パラメタリスト 既知パラメタ 染色体のHaplotype型 対象集団のDemographic parameters 疾患染色体率 人口増加率 変異発生時刻 各マーカーのアレル頻度(健常染色体を母集団とする) マーカ…