2011-05-17から1日間の記事一覧

染色体グラフ

家系図がある 常染色体の場合は、子の染色体は母方・父方の2本ある ●方の染色体は親●の2本の染色体のいずれかである いずれかであるけれど、そのどちらかがわからないとき、両方と辺でつなぐ このようにすると、個人間の血縁関係で作ったグラフが複数のグ…

フェーズを決めたら、染色体グラフは木の集合になる

染色体の伝達が未確定のとき、染色体グラフは分岐を持つが、確定すると、木の集合になる Rでやれば: # sepGraphsと伝達パターンから、木を作って取り出す SelectTrees<-function(sepG,v){ ret<-list() for(i in 1:length(sepG)){ tmp<-sepG[[i]][,1:2] for(…

染色体グラフの伝達選択数

染色体グラフは子染色体は由来二親染色体と結ばれている これを分岐と呼ぶことにする グラフにいくつの分岐があるかを数える sepGraphs<-SeparateGraphs(hG) # 分けたグラフごとにいくつの分岐があるかを数える numBifperGraph<-rep(0,length(sepGraphs)) fo…

染色体グラフの連結グラフに番号をつける

染色体グラフは複数のグラフの集まりである(ことが多い。血族婚などで一つにつながることもある) 個々の連結グラフに番号をつけよう SeparateGraphs<-function(hG){ ns<-length(hG[,1]) assigned<-rep(0,ns) cnt<-1 for(i in 1:length(hG[,1])){ if(hG[i,1]!…

染色体グラフからフェーズを場合分け

染色体グラフでは、染色体ノードは由来親の2本の染色体と辺で結ばれていた 実際は、その2辺のうちの片方が真実であるので、片方のみが存在している どの染色体の親子関係もそういう50:50の関係であるから、染色体親子関係Nについて通りの取り方があって、…