2011-07-11から1日間の記事一覧
Goecks, J., A. Nekrutenko, et al. (2010). Genome Biol. 11: R86. ３要素 Accessibility Reproducibility Transparency(これについてはこの記事では扱わない) Accessibilityについて プログラミング・情報学系のスキルが必要 ツールをインストールできなく…
Ng, S. (2010). Nat. Genet. 42: 30-35. Exome sequence A rare mendelian disorder Depth Coverage of exons single-end seqs targetted enrichment
Guttman, M. (2010). Nat. Biotechnol. 28: 503-510. アプリ:Scripture RNA-seq "Ab initio" アプローチ 既知トランスクリプト・アノテーションは使わない 主な課題 Gapped aligners (スプライス・ジャンクションにショートリードを当てる(TopHatのように) G…
Accessibility/Reproducibility/Transparency Goecks, J., A. Nekrutenko, et al. (2010). Genome Biol. 11: R86. 大規模データに対して計算機を使って研究するときの基礎留意点 AccessiblityとReproducibility さらにTransparencyを加えて アプリ：Galaxy A…
Trapnell, C. (2010). Nat. Biotechnol 28: 511-515. アプリ：Cufflinks この論文で示している方法のTopHat以降を実装したアプリ アプリ２:TopHat この論文のアプリが使用しているアプリ(アノテーション未知のsplice isoformsを推定・マッピングする) RNA-se…
こちらに、"Next-generation sequence analysis"(Nature Biotechnology 29,45–46(2011))という記事がある ４本の論文が引用されている [http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/20110711/1310348323:title=Goecks, J., A. Nekrutenko, et al. (2010). Genome Biol.…
