トランスクリプトーム

発現量とスプライスバリアントの比率との総合比較

上記の論文(次世代シークエンサーを使ったゲノムとトランスクリプトームに関するNature論文で、本文は(articleだけれど)6ページ、メソッドを中心としたサプルが71ページという論文(こちら"Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variatio…

比のゲノムワイド解析・MaxQuant

プレゼンスライド(こちら) Global analysis of genome, transcriptome and proteome reveals the response to aneuploidy in human cells 特殊な条件(aneuploidyなセルライン)にて3オミックス層の実験データを突き合わせてみる 用語 Aneuploidy 実験 Genomi…

メモ

GSEA(こちら,ペイパー) GSEA_変法 MA plot(こちら)

メモ

短いレビュー

RNA-DNA difference

DNAが転写されてmRNAができて、それが翻訳されてペプチド鎖になる Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome (Science express)(こちら)によれば、 ゲノム・トランスクリプトームの配列比較により、DNA-RNA配列に違う箇所が…

ぱらぱらめくる『Nature Reviews Genetics 2011』2-2 次世代シークエンサー(トランスクリプトーム)

次世代forトランスクリプトームのアセンブルについては2011 Octでも Next-generation transcriptome assembly. Jeffrey A. Martin & Zhong Wang,p671 | doi:10.1038/nrg3068

Cytoscape

発現解析に限定せず、グラフ可視化に転用しやすいとよいのだが・・・ すくなくともオープンソースで、Javaで、ネットワーク〜グラフで、可視化 こちら Javaソースをダウンロードして、解凍、その後、eclipseで適当な名称で、Javaプロジェクトを新規作成。プ…

SFP

SFP: single feature polymorphism トランスクリプトには1塩基分のトランスクリプト配列違いがあり、その成因はDNAレベルでのそれ=SNPのほかに、プロセシングの仮定で発生するものがあり、それをSFPと呼ぶ。ペイパーで参考になるのは、Single-feature p…