トレンド

検定各論

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…

CNV検定(2)

この記事はこちらの記事の続き。 今、コピー数アレルがある。 ディプロタイプが確定できるとき、ジェノタイプは。ディプロタイプが確定できず、保有コピー数が確定できるとき、ジェノタイプは。ケース・コントロールの2群で、このジェノタイプ分布に差があ…

CNV検定

CNV多型についての論文メモと、CNV多型のケースコントロール関連検定についての現状をまとめた(記事はこちら)。 おおまかに言って、6、7年前のSNP2x3分割表検定の頃と同じ事情のようだ。 とりあえず、ケースコントロールデータを発表するにあたり、ひと…

GWAにおける自由度諸相覚書

関連記載はこちらの『バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(2007)』

SNPアレル検定メモ

2x3のSNPジェノタイプ分割表を観測し、そこから、アレルについての2x2分割表を作成し、その2x2分割表についてケース・コントロールの独立性検定をするということはどういうことか。 2x2の分割表の周辺度数を満足する場合をすべて考慮するという…

SNP2x3データ分割表検定(漸近近似)まとめ

2x3分割表が得られたとする。 XXXxxx合算 ケースabcg コントロールdefh 合計ijkn 検定方法として漸近近似による方法として次のようなものがある。 カイ自乗検定では、 2x3分割表についてのそれ() アレルについて2x2分割表を作り直して Xx合算 ケース…

エクセルで順序カテゴリのトレンドテスト

エクセルはこちら。 添付のエクセルのB1セルには、カテゴリ数を入れる。 第3行がケースのカウント数、第4行がコントロールのカウント数。 第7行には、それぞれのカテゴリに与える重さを入れる。 たとえば、3段階の場合に、今、0,1、2が与えてある。 …