ポアソン分布

DNA鑑定にポアソン対数正規分布

昨日の記事や一昨日の記事に対数正規分布・ポアソン対数正規分布のことをメモした 常染色体上のSTRをPCR増幅をかませた実験によってピークシグナル型データを取得し、それに基づいてDNA型タイピングをするやり方がある そのデータについて、対数正規分布・ポ…

ポアソン対数正規分布

昨日、対数正規分布についてメモした その離散版。ポアソン対数正規分布 こちらのqRT-PCRとか、こちらの細菌検出とかで使われている ポアソン分布のパラメタが対数正規分布に従っているとして計算しているらしい poilogなるパッケージがあって、dpoilog(),rp…

次世代シークエンシングのためのポアソンモデル実習ハンドアウト

Rmdファイルと、中から参照するshinyアプリの文書 Rmdファイルと連携しているshinyアプリはこちら Rmdファイルからhtmlファイルやepubファイルを自作する方法はこちら htmlファイルはこちらにlogin as a guestして"handout"をクリック Kindle --- title: "po…

次世代シークエンシングデータと二項分布・ポアソン分布・負の二項分布

次世代シークエンシングでは、たくさんの座位が何本のリードでカバーされたか〜デプス〜を問題にする このデプスがいくつになるかを、座位ごとに分布をとるときに、シンプルには、ポアソン分布を仮定する ポアソン分布を仮定するということは、全座位の読ま…

ポアソンモデル実習

(日)英でネット上双方向性も意識した実習をする時間があったとする。次世代シークエンシングデータに関するものという制約があるとする ポアソンモデルについてハンズオンするのはどうだろうか 少し資料を集めておこう 資料1 資料2 資料3 資料4 資料5 資料6…

100年に1度の大雨

比較的珍しい気象イベント・地震などが社会の進め方に大きな意味を持つことがわかって来ている たとえば、100年に1度の大雨というとき、それは、気象庁のサイトにもある通り「平均再現期間」が100年であるような多量の雨のこと(こちら) 同庁の「確率降水量…

データを見て予測する

こちらでポアソン分布を気にしている その続き L回の観察機会のうち、 ([tex:k この事象をN回観察する機会があったら、何回起きると予想するのだろうか? L回の観察、k回の生起、から、ポアソン分布のパラメタの確率密度分布を、ガンマ分布として推定するこ…

収束の様子をきれいに描く

ポアソン分布を気にしている(こちら) こちらでポアソン事象の観測データを積み重ねていき、そのポアソン分布のパラメタが収束していく様子をガンマ関数で視覚的に見せている RのRColorBrewerパッケージというのを用いて色を作っている library(RColorBrewer)…

ポアソン分布か、ポアソン分布としたら、どんなのか

ポアソン分布らしい観測データがある ポアソン分布にフィットするかどうかは、こちらのような適合度検定でできる 期待値からポアソン分布のパラメタを求めて、そのパラメタ値の下での期待度数と観測度数のずれをカイ二乗統計量にして検定している 分布パラメ…