学会

駆け足で眺める、アメリカ人類遺伝学会@サンディエゴ

全部で3103ポスターが登録されていましたが、そのうち、 バイオインフォマティクスに分類されたものが360、統計解析に分類されたものが447、あり、併せて、807題、全体の26%に上りました。 昨年までの集計をしていないので、正確なことは言えませんが、数年…

パスウェイの「分布評価」

日本人類遺伝学会のシンポジウムでの1つのトークのイントロでの話 複数のパスウェイがフェノタイプの成立に影響するときに、いくつかのパスウェイのうちの1つに変化が入るとフェノタイプ成立する、というモデルを…というものだった これの逆で、複数のパス…

アメリカ人類遺伝学会@ボストン

2013/10/23-25と会期の全部ではありませんが、参加します 主なトピック 研究トラックに挙げられているもの エピゲノムは取り立てて扱っておこう 「ゲノム空間」の「Integration(統合解析〜積分)」 Galaxyを使って自分でハイスループットデータを使ってみよう…

分割したときの分布

日本人類遺伝学会での発表にこんなのもあった ゲノムワイドで何かしらの統計量が出せる ある基準でゲノム全体をいくつかに分割する(あまりはない、重複はない) 分割されてできる部分の大きさ(塩基数)は異なる 部分の大きさとその部分に計算される統計量との…

日本人類遺伝学会

Weighted Gene Coexpression Network Analysisというのを使った発表があった サイトがこちら WCGNAパッケージ(R) Weighted newtork(Wiki記事)

メモ

こちらでランダムグラフの話をした IBC2012のContributed セッションで、PCRプロセスを確率的分岐木成長でモデル化してPCRの数学的取扱いをしていた(The allele Distribution in Nxt-Generation Sequencing Data Sets is Accurately Described as the Result…

プレゼンテーションに挑戦

明日から神戸でIBC2012が始まります。(こちら) 仲間内からは、多次元分割表の代数統計的取扱いとDNA鑑定に線形代数とその統計量の近似計算法とがテーマとして発表される予定です 特にチャレンジングなのは弱冠二十歳でのオーラルプレゼンテーション(多次元分…

リウマチ性疾患の制圧に向けて

東京高輪で日本リウマチ学会が開かれている 疾患 関節リウマチ ループスとその他のいわゆる抗核抗体陽性系の多臓器自己免疫疾患 血管炎症候群 病態 病勢全般(リウマチ〜内科治療の標的として) 臓器別(ループスとその他のANA(+)膠原病) 骨・軟骨 骨粗鬆症 関…

HGM2012@シドニー

HGM2012 癌ゲノムのメガ・スタディ 癌由来細胞と非由来細胞の選り分けのこと 「癌」を構成するための変異のセット(変異カクテル) 増殖性な性質と「悪性増殖」な性質? Molecular subclassesと治療選択、臓器別・組織別ではなく メチローム 化学修飾を介して…

メモ

Algebraic Statistics 2012 @ Penn State Univ.(こちら)

IGESミーティング@ハイデルブルク

アブストラクトはこちら 今年の主題はレアバリアント レアバリアントの形質影響がどうなっているのかの仮説 相互に独立でないもの・一様でないものが集まることで、「独立であったとしたらこうなる」はずなのに、そこからずれている、ということを検出しまし…

ディリクレ過程

IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine こちら ノンパラメトリックベイズとそこでのディリクレ過程が気になる ディリクレ過程とノンパラメトリックベイズについてはこちら 混合分布推定 こちらの話題だと、周期性を仮定する時系列…

アメリカ人類遺伝学会2010@ワシントンDC

ASHG2010@Washington DC 2010/11/02-2010/11/06 発現調節 染色体高次構造によるLong-range regulation(cis-effect):looping regulation 集団遺伝学 out-of-Africaとその木へのadmixtureの検出 1000Genome->Demographic inference of populations 関連情報 PL…

補正

日本統計関連学会。衛星画像の処理のセッションあり。衛星画像と地図とを一致させる補正方法として幾何補正というのがあるとのこと。 似ているけれど異なっているゲノム配列の対応付けも「1次元幾何補正」とみなせるか・・・ 民族横断型複数GWASスタディのピ…

Generalized estimating equation (GEE)

GEEについての部分だけ抜き書き generalized estimating equation (GEE) 参考資料(こちら) Wiki記事(こちら) SASに一部実装したものがあるらしい Rにふたつのパッケージ geepack gee 結構、疎な分割表で重宝

順序のあるカテゴリカルデータ分割表解析

Joint Statistical Meeting 2010 @ Vancouverの講義(2010/08/02)(主なセッションはこちら) Analysis of Ordinal Categorical Data 種本 Analysis of Ordinal Categorical Data (Wiley Series in Probability and Statistics)作者: Alan Agresti出版社/メーカ…

JSM2010@バンクーバー

夏真っ盛りに涼しいバンクーバーで学会です。 学会公式サイトはこちら 初めての参加なので、勝手がわかりませんが、プログラムを広げると想像以上にゲノム・遺伝学関係のトピックが多いです。データの量に比例して統計解析をしている人がセッションを立てて…

MAXテストのp値推定

2010/07/31-2010/0806 バンクーバー(カナダ) スライド(ドラフト) リンク

IGESとASHG in Hawaii

ハワイ オアフ島で10/18-20 にIGES(International Genetic Epidemiology Meeting) 2009が、それに引き続いて、10/21-25にASHG(American Society of Human Genetic Meeting) 2009が開かれました。前者は、オアフ島の北海岸のリゾート Turtle Bayで、後者はホ…

WBC開催中のサンディエゴにて

こちら 3/17-19 天気 朝霧&快晴 Platforms AB-SoLid3 Helicos SMS(Single Molecule Sequencing) Imumina Solexa-baseed Genome analyzer Roche 454 Targets Genome Epigenome Transcriptome Single cell Chronological change(Cancer-strains, Immunologica…

第71回情報処理学会@立命館大学びわこ・くさつキャンパス

ホームページ 3月10日 並列処理と動的再構成技術 意思決定支援とデータ分析 コンピュータ将棋は止まらない−人間トップに勝つコンピュータ将棋− 数理モデル化と問題解決 音声・音楽情報処理 自然言語処理一般 圧縮・復元 3月11日 チップマルチプロセッサと並…

データマイニングと統計数理研究会@京都

招待講演:劣モジュラ最適化 京都大学数理解析研究所 岩田 覚さん Hypercubeの頂点とパワーセットの要素 最小値・最大値を多項式時間で探索・・・ 多型マーカーの部分集合の何かが? ハプロタイプの部分集合の何かが? 一般発表 shared Binary Decision Diag…

HGV meeting 2008 @ Toronto

CNV, Resequencing に向けた話しが中心 メモ Inversion の検出 サンプル(別のデータ)をプールして、「部分集合」の考え方を入れつつ、情報を引き出すというアイディア 非血縁関係者のIBD検出とそれによる個人間距離の定義、プロットのソフトウェア pharmacog…

統計関連学会連合大会2008

2008/09/07-2008/09/10@慶応義塾大学矢上キャンパス マーキングした用語など カーネル主成分分析 カーネルトリック Nystrom近似法 Lassoタイプ正則化 順序ラベル判別 エントロピー Support Vector Machine 半順序 埋め込み、飛び出し 確率密度関数の比の推定…

統計力学関係 International Genetic Epidemiology Society年会(IGES2006)

SNPはDiallelic であることを特徴とし、数は多くなるが、そのデータ次元構造が単純である。そのあたりを利用していじるときに、統計力学のもろもろを援用している発表もあった。 それに関してすこしでも概要をつかもうとすると、まず、次のような、(はるか・…

Symbolic discriminant analysis (SDA) (IGES2006)

内容をかいつまんでも了解していないけれど、こちらのサイトの下段の記載によると、組合せ最適化のための手法で、因子とそれをつなぐ演算子とを求めるための方法らしい。最適化にあたりラッパープログラムを通じて任意のアルゴリズムにつなぐなどしている。…

ハプロタイプ関連解析(IGES2006)

系統樹によるプーリング ハプロタイプベースの関連検定を行うとき、ハプロタイプ数が増えてくると厄介なので、なんらかの基準でプールしたい。いくつか方法がある。これらでプーリング問題がすべて解決するわけではないけれど、小セグメントの ALTree TreeSc…

International Genetic Epidemiology Society年会(IGES2006)

11月16日、17日の2日間、フロリダ州タンパにて開催。学会サイトはこちら。日本人がいない・・・。その覚書。