家系

家系データをシミュレーションで作る8

8. たくさんの家系データを作る # 繰り返し回数 Niter<-10 sim.Gs.list<-list() for(i in 1:Niter){ sim.Gs.list[[i]]<-Simulate.Genotype.Multi(M.cousins,NaS.list,PaS.list,Dg.list) }

家系データをシミュレーションで作る7

7. 複数の染色体に広げる sim.Gを染色体本数分作る # 染色体ごとにNaS,PaS,Dgを作る # ここでは簡単のために、すべて同じものとする num.Chromosomes<-22 NaS.list<-list() PaS.list<-list() Dg.list<-list() for(i in 1:num.Chromosomes){ NaS.list[[i]]<-N…

家系データをシミュレーションで作る3

3. 組換え体を作る 同一の染色体上に複数の多型があるときに、伝達にあたって、多型間で組換えがおきるかどうかを考慮した上で、同一染色体上のアレルはまとまって(ハプロタイプとして)伝達される 組換えが起きるかどうかは確率的であるので、その起きやすさ…

家系データをシミュレーションで作る2

2. 関数にする 同じ処理を繰り返し使うときには、関数にする 関数は、次の3つからなる 入力 計算 出力 連鎖平衡にあるマーカーの組み合わせハプロタイプを作る 「連鎖平衡」 マーカーがDNA上で十分に遠い→組合せをランダムに作ってよい # 入力はマーカーの…

家系データをシミュレーションで作る6

6. 家系図の情報を使って、ジェノタイプを作る 両親の不明な個人のジェノタイプは、HWEを仮定したMake.Haplotype()関数を使う 両親がわかっている個人のジェノタイプは、MakeOffspring()関数を使う 親子関係行列を作るときに、子のIDが親のIDより大きいよう…

家系データをシミュレーションで作る5

5. 家系図を扱う 家系図のルール 両親がいて、子が生まれる すべての個人をつなぐ つながれていない個人の間には、個人を挿入する すべての個人の親の持ち方は以下のいずれか (1)両親がともにいる (2)両親ともにいない (3)片親のみがいる 個人に番号を付ける…

家系データをシミュレーションで作る0

0.1 ペアを組んでやる 完全初心者とそうでない者とでペアを組む どちらもメリットがある 教えられるメリットと教えるメリット 0.2 Rを使う 自分のパソコンにRを入れておく(入れてもらっておく) Rの外部からデータを読み込んだり、外部にデータを書き出したり…

家系データをシミュレーションで作る4

4. 両親のジェノタイプから子のジェノタイプを作る # 父・母のジェノタイプをランダムに作る father<-MakeHaplotype(NaS,PaS,2) mother<-MakeHaplotype(NaS,PaS,2) father mother # 配偶子を作る father.gamates<-Rec.Haplotype(father[1,],father[2,],Dg) m…

家系データをシミュレーションで作る1

1. アレル、ジェノタイプ アレルとアレル頻度 # あるマーカー # アレルの数 Na<-4 # アレル頻度 Pa<-c(0.3,0.2,0.1,0.4) # Pa<-c(3,2,1,4)のようにして、あとで頻度の和が1になるようにしてもよい # 念のため、アレル頻度の和が1になるように補正する Pa<-…

家系データをシミュレーションで作る

こちらの突貫セミナー 目的 Rは本当の初心者(インストールを終えただけ)が対象 特定の血縁関係のジェノタイプデータを作ること 技量ではなく、実をとる(とにかくデータが作りたい) 目次 0. 準備 1. アレル、ハプロタイプ 2. 組換え体を作る 2. 両親のジェノ…

Simulate genotype data of family

Brief comments in English. ############### ### 1 ############### # When we have one marker # No. alleles Na<-4 # Allele frequency vector Pa<-c(0.3,0.2,0.1,0.4) # Sum of allele frequency should be 1. Pa<-Pa/sum(Pa) ############### ### 2 ###…