Exact-match BW行列は辞書式順序で並んでいる これを利用する あるクエリー配列の末尾の１文字を見て、その文字がBW行列の左端に来ている行を選択する それを満足する行数を数える(それらは固まって存在している） 次いで、クエリー配列の末尾から１、２文字…

#元の文字列 > T [1] "g" "c" "a" "c" "c" "c" # BW行列 > sortedM [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [1,] "$" "g" "c" "a" "c" "c" "c" [2,] "a" "c" "c" "c" "$" "g" "c" [3,] "c" "$" "g" "c" "a" "c" "c" [4,] "c" "a" "c" "c" "c" "$" "g" [5,] "c" …

Burrows-Wheeler変換(BWT)はBWTに基づくインデックス方法を用いる 大規模テキストの検索に向く 少メモリで実行可能なことを特徴とする 圧縮技術・塩基配列処理に応用されている BWインデックスを説明する 文字列"acaacg"にBWインデックスを付ける "a,t,g,c"…

レビュー Rare variant association analysis methods for complex traits, by J. Asimit and E.Zeggini in Anu.Rev.Genet. 2010. 44:293-308 レアバリアント(マイナーアレルが Multiple rare variant(MRV) hypothesis vs. Common disease common varinat hy…

こちらで。

次世代シークエンサーのデータサンプルはこちらから取れるようだ。 ここで使っている配列データファイルの形式がFASTQ形式で、その説明はこちら 短い塩基の連なりとその塩基の一つ一つにクオリティ情報がついている １塩基に１文字のクオリティ情報をつける…