生存解析

確率密度分布、累積分布、生存分布、ハザード分布

シリーズの目次 微分積分3確率密度関数・累積関数・ハザード関数作者: ryamada発売日: 2017/01/28メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る --- title: "Calculus3 Density, Cumulative, Hazard" author: "ryamada" date: "2017年1月22日" outp…

Rの生存解析用関数指定

こちらを、ただ写させていただく。すみません。 library(survival) library(FAdist) sfs =survfit(Surv(time, cens)~treat,data=gehan) srs =survreg(Surv(time, cens) ~ treat, dist="exponential", data = gehan) srs_r =survreg(Surv(time, cens) ~ treat…

イベント集積に関するメモ

n <- 1000 # ランダムに脱落する prob <- c(0.5,0.5) censor <- sample(0:1,n,replace=TRUE,prob=prob) # 指数乱数で死亡時刻が決まる #times <- cumsum(rexp(n)) times <- sort(rexp(n)) x <- ((n-1):0)/(n:1) v <- rep(1,length(x)) v[which(censor == 1)] …

勝ち抜け

ある一定の確率で勝ち抜けをする状況は原子核崩壊と同じ様子であって、勝てずにいつまでも勝ち抜けできない人の数は指数関数的に減って行く たとえば、イベントでのじゃんけん大会で、壇上の人とジャンケンをして、勝ったら抜けて行く(たいていは、負けたら…

エントリータイミングのパターン

こちらで生存解析にあたって、初期にエントリーバーストがあって、その後エントリーが定常化することについて書かれている そういえば生存解析について、以前にも書いた…(こちら) この記事にアイディアを得て、どんなモデルが作れるかを考えてみる できるだ…

生存カーブ

生存カーブが話題になった 生存カーブは 横軸が時間 縦軸が生存率 カーブの傾きは「開始時刻の人口を基準とした、単位時間当たりの人口の減少率」 したがって、単位人口当たりの死亡率が一定のときには、カーブはだんだん緩やかになる 『誰がいつ死亡するか…

メモ

こちらの続き Kernel Machine SNP-set Analysis for Censored Survival Outcomes in Genome-wide Association Studies カーネル・トリックに関するメモ Pathway-based identificaion of SNPs predictive of survival package_SimHapとsnp.surv()関数 "formul…

打ち切りのこと

生存解析の特徴と言えば、「打ち切りサンプル」があること また、イベントが発生するごとに、その後のイベントの生起を考えるための全体集団が小さくなっていくこと 生存曲線を描いて、曲線間に違いがあるかどうかを検定する方法としてログランクテスト・一…

二値・非可逆フェノタイプで

昨日の記事で時間に関して離散的な観測データについて、そのまま・差分・累積をとり、それについて、統計量を作ってみることを書いた 今日の記事では、それを、良く知られた解析法が適用可能なデータ例に当てはめてみる 生存解析(「生死」を経時的に追跡する…

ログランク

こちらはリンク切れ 目次のページ 前篇(カプラン・マイヤー法とログランク検定,人年法について) 中篇(Cox 回帰分析について) 後篇(競合リスクや再発事象に関する解析方法について) library(survival) # survdiff(Surv(時間変数, イベント変数) ~ 群変数, デ…