系統樹

デンドログラムを二次元平面の上に描く

二次元平面上に標本があり、それらの間に階層的クラスタリング構造が得られたとする 二次元平面上に標本を配置しつつ、その平面から立ち上がるようにデンドログラムを描きたいかもしれない library(FactoMineR) # Compute PCA with ncp = 3 res.pca <- PCA(U…

Project-based learning

生き物の基本である親から子への伝達、過去から現在への伝達を、要素と要素間の関係の理論であるグラフで扱うことができる それをProject-based learning的に(こちら)やってみる試み(こちら)

必ずつながる

こちらで扱っている遺伝的浮動はアレルの伝達関係に関して、その本数・比率に着目したものですが、アレルの伝達関係を経時的グラフにすると、コアレセントと呼ばれる方法で扱うことができます。アンセストラル・リコンビネーション・グラフとか(こちら) 分水…

カタラン数

カタラン数の規則をそのまま使って、組み換えなしの配列変遷を抽象的に捉える カタラン数の規則を(たぶん)若干改変・拡張して、組み換えありの配列変遷を抽象的に捉える PDFリンク 日記内リンク

進化系統樹 NJ法 ブートストラップ ベイズ

表題の4つのキーワードで、何かツールがないか、と質問された。 久しぶりに系統樹について考えた。配列間距離の推定もベイズなのだ、と。。。 確率論を入れるとしたら、『樹の形』についての信頼区間(それを信頼区間と呼ぶかどうかは別として)を持たせた出…

樹の描図

フリーアプリケーションTreeViewをダウンロードしよう(URL) 樹の構造をテキスト表現する方法もいくつかあるが、 (B1:0, (((B3:0, B5:2.00000):0, B2:1.00000):0, B4:0.00000):1.00000); は、Newick書式(URL)と呼ばれ、樹を描くアプリケーションの複数で用い…

Newick書式から系統樹を描く

系統樹を描くための情報は ((hap1:1.5,hap3:1.5):1.5,(hap2:0.5,(hap0:2.33333333333333,hap4:0.666666666666667):1.5):0); のような書式に盛り込むことがある。これをNewick書式と言う。 この書式を読んで系統樹を描くアプリケーションはフリーのものもある…