統計遺伝学

数年がかりで

統計遺伝学の基礎と統計遺伝学以外の数理医学生物学への地ならしを数年がかりでやるとしたらどうするだろうか 教科書の選りすぐり。そしてその順序 - 医学科を卒業するときに、数理解析を念頭においた医学生物学を行う素地を作っておくために、計画を立てる…

遺伝統計学分野における解析技術の基礎調査

PDFはこちら 日本語資料 短くまとまっていて一瞬で読める ウェブサイトにありがちな、「(サイト内を)調べたけど、(そのサイトの)全体を眺めたかどうか確証が持てない」という不安がない「1文書完結型」

ホモ接合体とヘテロ接合体、順序を気にする気にしない

ここで同胞のIBDを計算している ヒトは2倍体なので、ペアを作る作業が多発する。 ペアを作るときにペアの構成要素が同じか違うかは、組み合わせを作るときに問題になる また、ペアを作ったときに、ペアの構成要素の順序を気にするかしないか、も問題になりう…

遺伝解析 ドライ入門

少し古いけれど、目次が参考になる。 Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data作者: Michael R. Barnes出版社/メーカー: Wiley発売日: 2007/04/16メディア: ハードカバー クリック: 4回この商品を含むブ…

再整理

このブログはいろいろなウェブコンテンツと相互リンクを張っている。ときおり、整理を試みるも、すぐに、収集がつかなくなる。 新しい相互リンク先が京大統計遺伝学分野Wiki(こちら)。 それぞれのリンク先もサーバ引越などを繰り返しているが、現時点での最…

第5部 第23章 Inferene, Simulation and Enumeration of GenealogiesHandbook of Statistical Genetics(5-23)

家系図のグラフ表現 一般的な家系図:カップルの間に横棒、そこから生まれる子に折れ線 Marriage node graph:カップルの成立にノードを与え、その「カップル」関係を作る2親と、その「カップル」関係から生まれる子をノードとして、エッジでつないだグラフ…

第5部 第22章 Mathematical models in populationgenetics Handbook of Statistical Genetics(5-22)

1座位、2アレルのモデル 2アレル: その第世代の頻度: 変異 Mutation の変異率: の変異率: 世代にてだったアレルは変異しなければ()そのまま、だったアレルは変異すれば()、となる であるから 特に、のとき ランダムな遺伝的浮動 Random genetic drift…

Handbook of Statistical Genetics

Handbook of Statistical Genetics作者: David J. Balding,Martin Bishop,Chris Cannings出版社/メーカー: Wiley-Interscience発売日: 2007/10/01メディア: ハードカバー クリック: 16回この商品を含むブログ (5件) を見る 駆け足で読むには、専門に近すぎる…

3 連鎖解析 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

3.1 連鎖とは 異なる染色体上に複数のローカスが存在するとき、それぞれのローカスのアレルは、お互いに独立して伝達される 他方、同一の染色体上に存在する複数のローカスのアレルの伝達は相互に独立ではない。同一染色体上の異なるローカスのアレルが非独…

2 分離 メンデルの法則 Hardy-Weinberg平衡(2 The Analysis of Segregation and Population Frequencies)

2.1 メンデルの分離の法則 形質 phenotype:個体がもつ特性 アレル(アリル) allele:遺伝子が持つ特性(個体は複数(2つまでが普通)の相同遺伝子を持つので、複数のアレルを有する ホモ接合体とヘテロ接合体(homozygotes, heterozygotes):個体が持つ2つのア…

番外 Elston-Stewartアルゴリズム

連鎖解析アプリケーションで採用されている、家系図尤度の計算方法。家系図を世代の若い方から古い方へと進む。家系図の全体を計算するのでなく、部分で計算する。さかのぼりつつ、創始者へ行き着いたかいなかを判断し、行き着かなければ、部分家系図を子に…

5 連続形質・偽(準)連続形質の解析 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

5.0 この章の基本 形質=環境要因+遺伝要因(+偶然) 量的形質には相関係数を求めることができる 要因間にも相関係数を求めることができる 偶然を入れないのがニュートン力学で、入れるのが量子力学に相当するとでも言うのでしょうか(そうすると、後者の場合…

5 連続形質・偽(準)連続形質の解析 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

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4 連鎖不平衡解析 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

4.1 アレル関連(Allelic association)の定義 ある多型のある1つのアレルと別の多型のある1つの多型とに与えられた関係である ある染色体上のある遺伝子多型がn種類のアレルa1,a2,...,anを持ち、同じ染色体上の別の多型がm種類のアレルb1,b2,...,bmを持つと…

3 連鎖解析 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

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2 分離 メンデルの法則 Hardy-Weinberg平衡 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

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1 はじめに 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

教科書と目次 駆け足で読むPak Shamの統計遺伝学

教科書 Statistics in Human Genetics (Applications of Statistics S.) 作者: Pak Sham 出版社/メーカー: Edward Arnold 発売日: 1997/11 メディア: ペーパーバック 目次 1 はじめに(1 Introduction) 2 分離 メンデルの法則 Hardy-Weinberg平衡(2 The Ana…