関連解析

Rare variant association analysis methods for complex traits

レビュー Rare variant association analysis methods for complex traits, by J. Asimit and E.Zeggini in Anu.Rev.Genet. 2010. 44:293-308 レアバリアント(マイナーアレルが Multiple rare variant(MRV) hypothesis vs. Common disease common varinat hy…

平成23年度前期初学者用

平成23年度の初学者用ペーシングテキストはこれにしよう Applied Statistical Genetics with R: For Population-based Association Studies (Use R!)作者: Andrea S. Foulkes出版社/メーカー: Springer New York発売日: 2009/05/06メディア: ペーパーバック…

有病率、アレル頻度、HWD係数F、ディプロタイプ別リスクからケース・コントロールのディプロタイプ頻度を算出する。

public static double[][] CaseContFrac(double af,double f,double prev,double[] risk){ double[][] ret=new double[2][3]; double p=af; double[] total={ p*p+p*(1-p)*f,2*p*(1-p)*(1-f),(1-p)*(1-p)+p*(1-p)*f }; double[] ca={total[0]*risk[0],total[…

ぱらぱらめくるnature reviews genetics

2008 Julyから2009 Marchのぱらぱらを以下に。

Cyberinfrastructure

オーム解析におけるインフォマティクス上の現状概観 Towards a cyberinfrastructure for the biological sciences: progress, visions and challenges. LD Stein nat reviews genetics 9:678-688 2008

Epistasis現況

Epistasis - the essential role of gene interactions in the structure and evolution of genetic systems. PC Phillips nat review genet 9:855-867 遺伝子-遺伝子相互作用

遺伝子配列がとる状態空間とその中の個体の位置、集団の動き

Neutralism and selectionism: a network-based reconciliation. A Wagner nat reviews genet 9:965-974 2008

遺伝子重複とその機能獲得

Turning a hobby into a job: How duplicated genes find new functions. GC Conant & KH Wolfe nat reviews genet 9: 938-950 2008 重複した遺伝子が新規に機能を獲得 Neofunctionalization(新規機能を担う) Subfunctionalization(機能を分担)

性差 sexual dimorphism

[http://www.nature.com/nrg/journal/v9/n12/abs/nrg2415.html:title=Sex-specific genetic architecture of human disease. C Ober et al. nat reviews genet 9:911-922 2008] 遺伝的性差(XX保有対XY保有)と、形質発現との関係を調べることは2本立て…

ベイズによるRJMCMC(reversible jump MCMC)

Statistical genetics Fitting phenotypes. T Casci 9 2008 Predicting Unobserved phenotypes for complex traits from whole-genome SNP data. SH Lee et al. PLosS Genet 4:e1000231 2008 帰無仮説を検定して多重検定に耐えうる統計的有意水準を得るとい…

トランスクリプトームに次世代シークエンサー

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Z Wang et al. nat reviews genet 10:57-63 2009

RNA-based gene duplication

RNA-based gene duplication: mechanistic and evolutionary insights. H Kaessmann et al. nat reviews genet 10:19-31 2009 mRNAが逆転写してDNAに収まって、それがpseudogeneから本物になることは、やはりある。それに関する現況レビュー。

多数のomeデータベースの今後

Genotype-phenotype databases: challenges and solutions for the post-genomic era. GA Thorisson et al. nat reviews genet 10:9-18 2009 数多くのデータベースが存在しているが、今後はそれらを横断的につなぐ必要が出る。そのことについての現状概観と…

Nucleosome positioning

Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics. C Jiang & BF Pugh nat reviews genet 10 161-172 2009 Nucleosome positioningとは、DNAがヒストンと高次構造をとるときにできるヌクレオソーム構造がDNA塩基配列のどこで「ヒスト…

遺伝子発現制御の "-ome"

The evolution of hierarchical gene regulatory networks. DH Erwin & EH Davidson nat reviews genetics 10:141-148 2009 Gene regulatory networks (GRNs)とは 発生は遺伝子の空間的(臓器・組織別)の遺伝子発現制御状態の時間的推移パターンである、とも…

Decanalizationによる複合遺伝性疾患の説明

Decanalization and the origin of complex disease. G Gibson nat revies genet 10:134-140 2009 モデル Common disease-common variant モデル 集団における頻度が多型域(1%以上)の多型が疾患の遺伝要素の何分の一か程度の寄与をしているとするモデル。 …

Small silencing RNA 2009

Small silencing RNAs: and expanding universe. M Ghildiyal & PD Zamore nat reviews genet 10:94-108 1998年以来のsmall RNAの知見の増大をサマライズ

染色体接合異常

The consequences of asynapsis for mammalian meiosis. PS Burgoyne et al. nat reviews genet 10: 207-216 2009 減数分裂におけるmaternal と patarnalな染色体のsynapsis形成(対合)の異常は不妊原因の一つであるが、それについて、減数分裂時の分子機構に…

細胞外基質の遺伝子異常概観

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19204719:title=Genetic diseases of connective tissues: cellular and extracellular effects of ECM mutations. JF Bateman et al.nat review genet 10 173-183 2009] コラーゲンをはじめとする細胞外基質高分子の変…

long non-coding RNA

Long non-coding RNAs: insights into functions. TR Mercer et al. nat reviews genet 10:155-159 2009 "RNA world"という仮説 DNAに遺伝情報の伝達を担わせるより以前に、生物はRNAによって生き、遺伝情報を伝えていたとする仮説 情報保存はより安定なDAN…

細胞分裂と発現制御の双方向性制御

Replication timing and epigenetic reprogramming of gene expression: a two-way relationship? A Gondor & R Ohlsson nat reviews genetics 10:269-276 2009 細胞分裂の回転の速さ 転写活性の高い遺伝子のDNA複製は、転写活性の低い遺伝子のDNA複製より速…

疾患関連遺伝子解析データの解釈と臨床応用

Beyond odds ratios --- communicating disease risk based on genetic profiles. P Kraft et al. nat reviews genet 10:264-268 2009 p,odds ratio, population attributable risk(PAR), sensitivity, specificity, PPV, NPV Clinical validity ACCE (Analy…

遺伝子ネットワークで複合遺伝性疾患を。eQTLと。

Systems Genetics Networking complex traits. M Swami nat reviews genet 10:2009 Mapping complex disease traits with global gene expression. W Cookdon et al. nat reviews genet 10:184-194 2009 Systems genetics of complex traits in Drosophila m…

non-coding genesの探索2009

Functional Genomics Structure provides clues M Swami nat reviews genet e-pub 24 Mar. 2009 Local DNA Topography Correlates with Functional Noncoding Regions of the Human Genome SCJ Parker et al. Sciencexpress e-pub 12 Mar 2009のレビュー non…

ゲノム研究でのデータ共有

Data sharing in genomics---re-shaping scientific practice. J Kane et al. nat reviews genet e-pub 24 Mar 2009 研究スタイル Hypothesis-led projects Large-scale data generation projects データインフラストラクチャー Data-sharing とData-mining …

エピゲノム・ウイルス修飾2009

Viral manipulation of the host epigenome for oncogenic transformation. R Ferrari et al. nat reviews genet e-pub 17 Mar 2009 doi:10.1038 癌細胞のepigenetic heterogeneityは癌の臨床特性に影響を与える ウイルスのoncoproteinによるホスト細胞のepi…

DNAメチル化とヒストン修飾2009

Linking DNA methylation and histone modification: patterns and paradigms. H Cedar & Y Bergman nat reviews genet e-pub 24 Mar 2009 doi 10.1038 発生初期のde novo methylation Bimodal(2相性) methylation 多段階methlation Pluripotencyの喪失 rep…

量的形質を確率モデルで2009

Stochastic modelling for quantitative description of heterogeneous biological systems. DJ Wilkinson nat reviews genet 10:122-133 2009 システムバイオロジーで、多数の遺伝子の相互作用の帰結であるデータから情報抽出する場合 Stochastic model と …

多型で複合遺伝性疾患2009

Human genetic variation and its contribution to complex traits. KA Frazer et al. nat reviews genet 10:241-251 2009 Classes of human genetic variants Single nuclectide variant Insertion-deletion variant Block substitution Inversion variant …

ぱらぱらめくるnature reviews genetics

Population genetic analysis of shotgun assemblies of genomic sequences from multiple individuals. by Hellman, I. et al., Genome Research online publication on 22 July, 2008 Nucleotide diversity selection, drift local relates local recombin…