関連解析

6' 遺伝子多型分割表データの関連検定の見方 SNPケースコントロール関連検定に見る、いろいろな検定

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7 CNPケースコントロール関連検定手法をSNPケースコントロール関連検定手法から拡張する

SNPは3ジェノタイプ、CNPはNg=3以上のジェノタイプがある SNPの検定手法ごとに対応する手法を右に示す ジェノタイプを順序なしカテゴリとする (1)2x3分割表のカイ自乗検定・・・対応検定2xNg分割表カイ自乗検定 (2)その正確確率検定・・・その正確確…

6 遺伝子多型分割表データの関連検定の見方 SNPケースコントロール関連検定に見る、いろいろな検定

公開アプリケーションはこちら SNPは3ジェノタイプ この3ジェノタイプは、それぞれがどんなリスクを持っているか、知れたものではない、という意味では、相互に順序できない3カテゴリともみなせる この3ジェノタイプは、2アリルのうちの片方に着目する…

7 傾向性の検定

傾向性の検定とは、カテゴリに順序をつけて、それに重み付けをし、その付与した重み付けの具合と一致しているかどうかと、すべてのカテゴリが平等であるかどうかと比較して、検定するものである フェノタイプ数が2の場合 SNPケース・コントロール関連解析に…

5 遺伝子多型分割表データの関連検定の見方 総論

ひとつの分割表から関連についての情報はさまざまなとりかたがある 『どんな関連』について調べたいかによる『いろいろ』 あるひとつの『どんな関連』についても複数の検定結果が得られる、という意味でも『いろいろ』 フェノタイプ数Np、ジェノタイプ数Ngの…

6 Heterogeneity test

すべてをばらばらに見る独立性検定 ジェノタイプに順序を想定することなく、フェノタイプにも順序を想定しない場合に行う検定 SNPの場合のヘテロのジェノタイプの疾患リスクがホモのジェノタイプのいずれよりもリスクが高い場合も、ヘテロのリスクがホモのリ…

X ツールの使い方

ツールへのリンク 入出力フィールドは7個 実行ボタンは5個 入力フィールド6個 カテゴリカルデータの分割表に関する入力(3フィールド) No.genotypes:入力データの多型のジェノタイプ数 No.phenotypes:入力データのフェノタイプがカテゴリ型の場合、その数…

2 ジェノタイプとフェノタイプとの関係と遺伝

遺伝 遺伝するとは、複数の『個体』の間に存在する『血のつながり』が『個体』の『フェノタイプ』に『影響する』こと 簡単に言うと、遺伝子が伝達することと、形質が伝達すること 血のつながり 2つの関係 1つは、『個体』が作る、家系という関係 もう1つ…

1 遺伝子多型・アリル・ジェノタイプ・フェノタイプ(形質)

遺伝子多型 DNA配列は、同一種内で異なる部分がある。それを多型という。集団中での割合を定義に持ち込むこともある 一塩基多型(SNP:Single Nucleotide Polymorphism) DNA配列のある塩基が異なるような多型。たいていの場合、A,T,G,Cの4種類のうち、2種類…

0 はじめに

多型ジェノタイプ・形質間関連を解析する手法を了解するための覚書 学部生レベルからスタート・・・?? 最後は、この記事の内容を了解して、この計算機(ベータ版・動作未確認・出力値の正しさも未検証)の出力を理解するところまでを目指す

4 ジェノタイプデータ(のみ)から考えること〜Hardy-Weinberg平衡検定

Hardy-Weinberg平衡(HWE:Hardy Weinberg Equilibrium) ある集団において、メイティングがランダムであるとき、ディプロタイプが持つ、アリルの組合せは、集団のアリル頻度によってのみ決まると考えられる。ジェノタイプの頻度分布とアリルの頻度分布との関係…

3 SNP CNPのアリル・ディプロタイプ・ジェノタイプ・ハプロタイプ

アリル、アリル数(SNPのアリル数 NSa、CNPのアリル数NCa) SNPのアリル SNPのアリルはA,T,G,Cの4塩基のうちのどれかひとつをとる、とり方であるので、最大アリル数は4。 アリル数2であることが普通。実験データとしては、アリル数2のSNPのディプロタイプ …

マーカーの非独立性を眼で見る

独立でない複数のマーカーについてmultiple testingをすることを考える。大きく2つのマーカー間非独立性がある(連鎖不平衡解析の場合)。ひとつは連鎖不平衡。もうひとつは集団の構造化。眼でみると、掲載図(オリジナルはこちら)。 掲載図では、マーカーがラ…

Grammatical evolutionを用いたGene x Gene interaction 推定@GAW15

進化的計算(Wikiはこちら)のひとつである、Grammatical evolutionを用いて、クロスバリデーションをしながら、膨大なG x G interactionsの中から、強い関係のそれを見つける手法が新規手法の紹介があった。MDRのDr. Lichieのラボから。 Grammatical evolutio…

投稿内容の分類について Genetic Analysis Workshop 15 @ Tampa, FL, USA. Nov13-15,2006

250を越える投稿(たぶん252)があり、眼を通すだけで大変。 グループに分類してそれなりのまとまりを出すのはかなりの難業であり、オーガナイザーの苦労がしのばれるし、分類に完璧に成功することは期待するべきではないと思うが、それでも、分類のされかたか…

概要 Genetic Analysis Workshop 15 @ Tampa, FL, USA. Nov13-15,2006

フロリダ半島のメキシコ湾側のまち、TampaでGenetic Analysis Workshop 15 (GAW15)が11月13日から15日の日程で開催されている。開催側のサイトはこちら。 クローズドなワークショップで、提示問題の発表者のみが参加できる形式である。今年の問題は3題あり…

構造化集団でのオッズ比

ケース・コントロール標本が、M個の均質亜集団から、非均等にサンプリングされたとする。 それぞれの亜集団のコントロール集団におけるリスクアレルの頻度をとする。 それぞれの亜集団のケース集団におけるリスクアレル頻度をとする。リスクアレルが第i番目…

3’UTRのSNPとQTL

羊の3'UTR SNPがmiRNA標的を壊すことで機能性多型となっている Clop, A. et al. A mutation revealing a potential illegitimate miRNA target site in the myostatin gene is a quantitative trait nucleotide with major effect on mascularity in sheep. …

SNP関連解析のデータ処理

At a glanceとして、A tutorial on statistical methods for population association studiesDavid J. Balding. Nature Reviews Genetics 7, 781-791 (October 2006) こちら

Whole-genome association (WGA) studies でのマーカー選択論概説

A gene-centric approach to genome-wide association studies Eric Jorgenson and John S. Witte. Nature Reviews Genetics 7, 885-891 (November 2006) マーカーの配置 選び方 Quati-random or anonymouos SNPs LD-based tag SNPs 配置の仕方 Map-based Ge…

Global gene expression Genome-wide gene expressionを使った、遺伝子マッピングのレビュー Genetics of global gene expression Matthew V. Rockman and Leonid Kruglyak. Nature Reviews Genetics 7, 862-872 (November 2006) 実験技術と発現量の評価法に…

Connectivity map

"Connectivity map" Lamb, J. et al. The connectivity map: using gene-expression signatures to connect small molecules, genes, and disease. Science 313, 1929–1935 (2006) 164 小分子(薬など)が及ぼすCell linesの発現プロファイルカタログ。 薬‐遺…

Joint analysis (Staged design of association study)

Skol AD et al. Joint analysis is more efficient than replication-based analysis for two-stage genome-wide association studies. 2006 Nat Genet 38(2):209-13 リンクはこちら 同論文で実行されている検出力等の計算アプリケーションのダウンロードサ…

Structured AssociationとGenomic Control

Structured Association 複数の互いに位置的に関連のない遺伝マーカーにおける観測データを用いて、個人を複数の亜集団に分類する。それぞれの亜集団は階層化がないものとする。亜集団にわけた上で解析をすることで、個々のマーカー・ローカスにおける統計量…

集団階層化

集団から抽出して行うケース・コントロール関連解析は、そのサンプル収集の容易さからCommon diseases関連遺伝子解析の主流となっている。大規模な連鎖不平衡関連解析では、解析遺伝子・ローカスの数が多いことからくる第1種過誤のインフレーションが問題と…

ハプロタイプによるケースコントロール関連解析の手法

ある領域に複数のハプロタイプが存在する。その中から疾患リスクアレルを検出する方法にはいくつかある。Tzeng, JY et al.による最近の論文がイントロダクションで紹介している系譜についてコメントする 個々のハプロタイプについて解析する方法 分割表検定…

第9限 ケース・コントロール関連検定・多点解析補正

今、2つのSNP(SNP_A,SNP_B)があるとする。次の4つの場合を考える (1)SNP_AとSNP_Bとは異なる染色体上にある(連鎖不平衡には(絶対に)ない、SNP_AのジェノタイプがわかってもSNP_Bのジェノタイプが何であるか、予想ができない) (2)SNP_AとSNP_Bとは、同じ遺…

第8限 ケース・コントロール関連検定・ブロックハプロタイプでの関連検定

ハプロタイプの関連検定は、haplo.statsなどもこのブログで紹介(記事はこちら)しているが、定番が(まだ)ない(ハプロタイプでの関連検定の手法のいくつかについての概説記事はこちら)。その主な理由は次の通り 領域ごとにハプロタイプ種類(アレル)数が異なり…

第7限 ケース・コントロール関連検定・単一SNPでの関連検定

ローカスの強さの指標とその検定-他のデータ解析・検定と同様に、「強さ」と「統計的有意差」からなる 「強さ」も「統計的有意差」も算出する方法はある。問題は、何を比較したいか(何を比較しないか)を了解してから実行することである 関連範囲の絞込みにお…

Haploviewに実装された諸ツールの出典

HaploviewはHapmapプロジェクトデータからのデータダウンロードに対応したSNPデータの連鎖不平衡解析ツールである。そのウェブサイトはこちら。その公開は論文化に先立ってなされていたが、その概要の論文化は2005年に入ってから(Barrett JC, Fry B, Maller …