集団遺伝学

ぱらぱらめくる『Information Geometry and Population Genetics』

Information Geometry and Population Genetics: The Mathematical Structure of the Wright-Fisher Model (Understanding Complex Systems)作者: Julian Hofrichter,Juergen Jost,Tat Dat Tran出版社/メーカー: Springer発売日: 2017/03/06メディア: ハード…

ぱらぱらめくる『Computer simulations: tools for population and evolutionary genetics』

ペイパー Simulation strategies Forward Backward Ways to use Predictive uses Statistical inference Validating statistical methods Designing a simulation study For predictive uses For statistical inference Choosing simulation softwares

構造・演算規則

親族の基本構造作者: クロード・レヴィ=ストロース,福井和美出版社/メーカー: 青弓社発売日: 2001/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (20件) を見る この本は大部な本である 親族の構造とそれを群でとらえることについては、…

文化人類学と群

数学と文化人類学の邂逅(資料1) ムルンギン体系(資料2) 親族の基本構造作者: クロード・レヴィ=ストロース,福井和美出版社/メーカー: 青弓社発売日: 2001/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (20件) を見る

ライフゲーム(2次元パターンの推移)をもう少し、丁寧に見よう 2次元の格子が「空間」 状態は2状態。「生」と「非生」 時間は離散的 次世代を決めるのは、現世代の状態のみ あるセルの次世代の状態を決めるのは、「自身のセル」と「近傍のセル」の状態 ラ…

de Finettiダイアグラム

deFinetti<-function(g=c(0.09,0.42,0.49)){ x<-seq(from=-1/sqrt(3),to=1/sqrt(3),by=0.01) y<--1.5*x^2+1/6 plot(x,y,xlim=c(-1/sqrt(3),1/sqrt(3)),ylim=c(-1/3,2/3),type="l") abline(a=2/3,b=sqrt(3)) abline(a=2/3,b=-sqrt(3)) abline(h=-1/3) AA<-c(-…

眺めてみる

初歩からの集団遺伝学作者: 安田徳一出版社/メーカー: 裳華房発売日: 2007/12メディア: 単行本 クリック: 10回この商品を含むブログ (4件) を見る オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう作者: 鎌谷直之,早未恵理出版社/メーカー: 星の環会発…

近親交配 inbreeding depression

近親交配の影響を量的に考える

Fst再考

Fstの今

変異の「空間分布」

Spatial patterns of variation due to natural selection in humans by J. Novembre and A. Di Rienzo in Nature reviews genetics

言葉で説明Fst Dst Gst Rstのこと

リンク

時間配分

1 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え) 2 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史…

11 結語(自分のデータといかに向き合うか)

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10 CNV(データ構造と解析手法)

CNVジェノタイプデータ 関連検定 Heterogeneity検定 マン・ホイットニー・ウィルコクソン 2群わけ ロジスティック回帰 トレンド検定 HWE検定 ハンドアウト

9 SNP-LD mapping、上記ルーチンのその先(フェノタイプネットワーク、パスウェイ解析、遺伝子組み合わせ、前向き)

8 リスク多型の機能性・因果関係評価(分子遺伝学的側面)

分子遺伝学おさらい 多型と分子遺伝学・分子レベルのアレル特異性 関連と因果 スライド

7 GWAS後(GWASスクリーニング後のこと。バリデーション・レプリケーション、メタアナリシス、異民族解析、ファインマッピング)

バリデーション・レプリケーション 発端研究でのバリデーションセットの重み レプリケーションスタディのやりかた タイプ1エラーの評価 パワー 手法 メタアナリシス 異民族のこと 異民族スタディの意義、LD構造の違い 民族間リスク差の有無と解釈 その場…

6 GWAS(データQC問題と対処、マルチプルテスティング問題の影響と対処、集団構造化の影響と対処、Frequentist以外の判断(ベイズ・FDR))

データQC データQCはなぜ必要か データQC総論 基本がわかれば、後は、応用 マルチプルテスティング 概論 対処法 集団構造化 概論 対処法 SNPひとしなみ SNP個別 サンプル層別化 Non-frequentist FDR ベイズ〜マルチプルテスティング対応 特にサ…

5 単一SNPの検定手法(2x3ケースコントロール、その他のカテゴリカル形質、量的形質、漸近近似手法・正確確率手法・パーミュテーション手法・尤度比手法、具体的な手法各論)

検定の分類 漸近近似 漸近近似検定 尤度比検定 正確検定 2x3分割表検定の諸相 自由度2検定 自由度1検定 Biased 検定 ロジスティック回帰 カテゴリカル形質、順序なし、順序あり Kruskal-Wallis, Jonckheere-Terpstra ロジスティック回帰 量的形質 線形回帰…

4 複合遺伝性疾患とその形質分類

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3 SNPのデータ構造とそのLD,HWD

SNP diallelic 数に関すること No. SNPs ns No. haplotypes nh, No. genotypes, phased, ngp, Homozygous types Heterozygous types No. genotypes, unphased, ngu, LD/LE ハプロタイプ頻度とSNPアレル頻度との間の独立性 Diplotype アレルのペア HWE/HWD…

2 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史(Out-of-Africa, Founder effect, Bottleneck)

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1 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え)

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ぱらぱらめくるnature reviews genetics

Population genetic analysis of shotgun assemblies of genomic sequences from multiple individuals. by Hellman, I. et al., Genome Research online publication on 22 July, 2008 Nucleotide diversity selection, drift local relates local recombin…

集団遺伝学解析用アプリケーションカタログ

カタログ 引用文献はこちら Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Laurent Excoffier and Gerald Heckel Nature Reviews Genetics 7, 745-758 (October 2006) Nature reviews genetics本文へのアクセスがあるなら次…

第8章 Molecular population genetics

The nuetral theory and molecular evolution 中立仮説が成り立つとき、Homozygosity = , . は有効集団サイズ、は変異率 Estimating rates of molecular sequence divergence Sequence divergence: 長さnの2配列があり、そのうちm箇所が異なり、n-m箇所が同…

Nucleotide diversity

前項のnucleotide polymorphismではDNA配列集団に存在する多型の分布を見たが、nucleotide diversityでは、集団を構成するDNA分子同士の異同箇所を問題にする。 全ペアにつき、異なる塩基箇所を数え、その和を、全ペア数xDNA配列長にて除す。その分散も、ソ…

Nucleotide polymorphism

ある集団で、n本の染色体の長さkの配列を観測したところ、m箇所に多型性が認められた。 今、 Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark 出版社/メーカー: Sinauer Associates Inc 発売日: 1997/10 メディア: ハードカバー …

並列計算と遺伝的浮動

以前、駆け足で読むシリーズでPCクラスタの記事を書いた(こちら) 最近、PCクラスタの導入を前提として、復習を始めることを記事にした(こちら) 遺伝的浮動が熱力学的拡散方程式様の数式表現をされることも記事にした(こちら) 「駆け足シリーズ」のときには、…

組換え体を発生する交叉と階層化(個人的メモ)

簡単のために、2アレル多型2ローカスについて考える。00 11というハプロタイプがある。この2ハプロタイプ間で交叉が起きると、組換え体01 もしくは 10が生じる。今、ハプロタイプとして00 01 10 11があったとき、組換え体を生じるハプロタイプのペアは00-…