GEE

GEEとGLLAMMとで面倒くさいジェノタイプとフェノタイプを検定する

論文は関節リウマチの重症度スコアとHLA-DRBB1ハプロタイプとの関係を報告したもの(こちら) フェノタイプ:ラーセンスコア(骨レントゲン写真を基にスコア化したもの)、骨erosionの有り無し2値、死亡、DAS28(治療反応性を定量するスコア)。さらにそれらの経…

順序カテゴリで重回帰

R GEE

こんな処理も データ例 > Orthodont Grouped Data: distance ~ age | Subject distance age Subject Sex Male 1 26.0 8 M01 Male 1 2 25.0 10 M01 Male 1 3 29.0 12 M01 Male 1 4 31.0 14 M01 Male 1 5 21.5 8 M02 Male 1 6 22.5 10 M02 Male 1 7 23.0 12 M0…

モデル

GEEの記事を書いている(昨日) GEEの基礎には、一般化線形回帰を用いる 一般化線形回帰についてはこちらを 一般化線形回帰では、興味ある事象が、0か1かでもよいし、正規分布でもよいし、ポアッソン分布でもよい 興味ある事象(形質とそのフェノタイプ)の分…

GEEは一般化線形回帰の発展形

R GEE

昨日の続き GEEは多変量回帰 回帰で用いる分布は、一般化線形回帰を用いることで正規分布のみならず、指定する分布を用いることができる gee()では、それはfamilyという引数で指定する その引数指定はgml() (一般化線形回帰関数)の場合と同じ なぜなら、gee…

順序のあるカテゴリカルデータ

R GEE

関連記事はこちら Quasi-likelihood 参考PDFはこちら こちらも参考 Marginalized multilevel modelがGEEの話しでは出てくる Wikiはこちら このWikiを見るに、こういうこと ある「平均となる値」が一つあって、それに単変量正規分布に従うぶれを考える その正…

Generalized estimating equation (GEE)

GEEについての部分だけ抜き書き generalized estimating equation (GEE) 参考資料(こちら) Wiki記事(こちら) SASに一部実装したものがあるらしい Rにふたつのパッケージ geepack gee 結構、疎な分割表で重宝

順序のあるカテゴリカルデータ分割表解析

Joint Statistical Meeting 2010 @ Vancouverの講義(2010/08/02)(主なセッションはこちら) Analysis of Ordinal Categorical Data 種本 Analysis of Ordinal Categorical Data (Wiley Series in Probability and Statistics)作者: Alan Agresti出版社/メーカ…