Infinite-alleles modelでは、たとえば、次のような２つの変異をモデルに合致した変異とみなす。ATGC->AAGC, ATGC->AGGC。２つの変異は、それぞれ新規アレルを生んでいる。 Infinite-sites modelでは、塩基配列は非常に長いので、あるDNA部位には、１度しか…

変異が起きて、遺伝子の多様性が増すことを考える。細かく考えると、あるとき、ある染色体に変異が起きてアレルが生まれ、別のときに別の染色体に変異が起きてアレルが生まれたとしたときに、この２つの新たに生まれたアレルは、同一かもしれない。しかしな…

教科書は『遺伝アルゴリズムと最適化 システム制御情報ライブラリー 17』システム制御情報学会編 三宮信夫・喜多 一・玉置 久・岩本貴司 朝倉書店 おすすめ度★★★☆☆ 遺伝アルゴリズムと最適化 作者: 三宮信夫, 玉置久, 喜多一, 岩本貴司, システム制御情報学…

この記事の末尾

負の２項分布 は自然数n,kについて定義されているが、今、n,kのうち、nを有理数aとしてやっても、式は成り立つ。これをと表記する。[a=-n]ただし、nは自然数としたとき、『負の２項分布』と呼ばれる。テイラー展開を用いることで、『n回成功するまでにk回の…

ポアソン分布は２項分布の生起確率Pをゼロに限りなく近づけたものに相当している ２項分布は、ある事象が起きる確率Pと起きない確率1-Pであるときに、総計N回の観測で、k回起きる確率を与える分布である この式では、N回試行してk回起きる確率が求められてい…

今、２種類のものがあり、併せてN個である。M個と(N-M)個に分かれているとする。今、Nの値もMの値も不明だとする。このN個から、n個を取り出してやったら、２種類はn1個とn2個であることがわかるだろう。これを繰り返すことによって、の値の推定が可能で、実…

二項分布は多項分布の項の数が２の場合 ある事象が併せてN回起きるとする。そのN回は、D1かD2かD3か…Dkか(k項分布)となり、それ以外の場合がないとする。このようなとき、このN1,N2,…Nkのとるパターンのすべてについて、D1がN1回、D2がN2回･･･DkがNk回起きる…

成功する確率がPの事象がある。初めて成功するのがk回目とすると、k-1回は連続して失敗していることになる。今、初めて成功する前に起きる連続失敗の回数がxである確率をとすると、xはであり、このについてを足し合わせると、１になる。このような分布を幾何…

記述統計学において、データ特性を要約統計量で表示することがある。数式で記述可能な以下の分布は、要約統計量において特徴的な分布である また、モンテカルロ・シミュレーションにおいて乱数変数を発生させるときには、その変数の生物学的特性に基づいて適…

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量的形質(Quantitative) ２分形質(Dichotomous)・悉無的形質(All-or-none)・離散的形質(Categorical)

分離比(Segregation ratio) 遺伝性形質が観測される家系における患児の比率のこと。常染色体劣性遺伝形質の場合には となる 遺伝様式不明な形質において分離比を解析するということ その意味 非メンデル遺伝形質における、多遺伝子性・少数遺伝子性の弁別、…

疾患の家族集積性の調査により、集団での発症率・・遺伝率とが得られる。それらの関係には次のようなことが言える。 遺伝率が高いほども高い 同胞間では、遺伝因子の同一性が なので、単一遺伝氏病の場合には、遺伝率が１となるが、因子数が１よりも大きいと…

多因子遺伝形質は、量的連続分布を示す 多くの形質は、不連続形質(ケースかコントロールか)である 遺伝因子レベルでは多因子であるものが、形質レベルでは不連続形質であるときに、遺伝因子が作る連続分布に閾値があって、その上下で形質が決定されるとする…

多因子遺伝形質の遺伝要因の度合いの指標 集団中の形質の分布は、遺伝要因と環境要因との影響の合算である したがって、形質の分布は、遺伝要因がもたらす形質の分布と環境要因がもたらす形質の分布とに分けられる 今、多因子遺伝形質が上記のような正規分布…

複数のローカスが関与する 複数のローカスのアレルがランダムメイティングしているとき、かつ、ローカスが相互に独立なとき 複数ローカス複合ジェノタイプは『極端(多重ホモ)』が少ない、正規分布化を示す ジェノタイプとフェノタイプは『平均へ回帰する』 …

疾患の家族内集積の度合いの指標 疾患が遺伝性を有することの必要条件は、その疾患が家族内集積性を有することである 家族集積性があっても環境要因による場合もあるので、必要十分条件ではない 患者を有する家系における罹患危険率と、一般集団の罹患危険率…

ペプチド上のあるアミノ酸の保存のよさを算出するときに、収集可能な類似配列を集め、それらに重み付けをしないで用いると、収集ペプチド配列のバイアス(研究の進んでいる配列とその関連配列群は多く収集され、そうでない配列は登録さえされていないので集ま…

SIFT:Sorts Intolerant From Tolerant amino acid substitutions １アミノ酸置換が及ぼすペプチド機能への影響を予測し、指標化したもの。類似ペプチド配列を集め、それをアラインメントした後、当該ペプチド配列中の当該アミノ酸置換が、アラインメントされ…

分子進化を考慮するにあたり、ある分子をコードしている遺伝子のコーディング領域に存在する変異・多型について、次の値を算出することで、その遺伝子のペプチド配列の保存性のよさ・ペプチド配列の保存の重要性の指標とする。 synonimous amino acid substi…

繁殖モデルの１つ 有限個体数集団 Diploid集団を扱う 世代のオーバーラップなし 集団個体数は一定(N) Random matingとHardy-Weinberg平衡 次世代diploid個体の作成 親世代染色体数 2N のプールから２染色体をランダムサンプリングして１個体としそれをＮ回繰…

マルコフ連鎖を用いて、世代を順次進めていくときに、次世代のパラメタの値を得るためには、次世代のパラメタ値をある分布(関数)(サンプラと呼ぶ)から作り出し、その作られた値を次世代のパラメタの値として妥当かどうかを判断する、という手続きを踏むと未…

統計モデルとは 知りたい何か(それは性質であったり、数量であったりする)がある 知りたい何かの真実を知ることができない状況である(ほとんどすべての知りたいことは推測するしかないという意味では、すべての『知る』という作業にあてはまる) 例：あるもの…

ゲノムＤＮＡは祖先から子孫へと伝えられる。伝えるときに、組換えという現象があり、あるゲノムＤＮＡは２つの親ゲノムＤＮＡのモザイクとなることがあり、このようなときに子ゲノムＤＮＡを組換え体(recombinant)と呼ぶ。組換えの影響を受けない場合には、…