Haploview

{質問}ブロックが組めない、ハプロタイプが計算されないのですが・・・

質問の状況 hoge.ped, hoge.infoファイルを読み込ませている LDがブロックになっておらず、ハプロタイプの推定がされない 個々のSNP自体はまともなコールであり、あしきりされていない 対策 infoファイルで与えたSNP間距離が遠すぎませんか? ブロック内とみ…

トリオデータのハンドリング箇所

HapMap,Haploviewにてトリオ(CEUサンプル、YRIサンプル)のデータをハンドリングしている箇所は、オープンソースHaploviewの "edu.mit.wi.haploview"パッケージの"HaploData.java"クラス。 トリオ関係については、ソースにじか書きしてあって("edu.mit.wi.hap…

第6限 タグSNPの選定

タグSNPとは、ある領域にに多数の多型が存在し、それらすべてを解析する代わりに、その領域の単一SNP関連解析・ハプロタイプ関連解析を効率よく行うために選ばれるSNPのセットのことである。弁別したいハプロタイプのセットとタグ化による関連解析精度の劣化…

第5限 連鎖不平衡ブロック内ハプロタイプの推定

EMアルゴリズムはすべてのハプロタイプフェージングの基礎であるので、原理を了解すること。そのためには、ジェノタイプデータを変えてそれに対するEMの出力を確認することが望ましい。EMについての記事はこちら。それを踏まえて、2SNP、3SNP、4SNPにつき…

第2限 個々のSNPジェノタイプデータの評価

個々のSNPについて、ケース・コントロール別にジェノタイプ観測人数がカウントされ、その結果、homo,hetero,counter-homo,unknownの4コール x 2サンプル群 の8数が得られる。 ケース・コントロール関連解析を行う前提 有効コール率・不明コール率の確認 ケ…

第1限 インストールと起動、ケース・コントロール入力ファイルの作成

Haploviewホームページ Haploviewダウンロードサイト Javaアプリケーションを動かすためにJREが入っていなければ、Java.comからダウンロード その後、HaploviewをOSに合わせて、ダウンロードし、必要に応じて、自己解等式ファイルを実行してインストールする…

Haploviewを用いた連鎖不平衡マッピング実習

全9限 このシリーズでの取り扱い範囲 個々のSNPジェノタイプデータの評価(HWE検定)(記事はこちら) SNP-SNPペア間の連鎖不平衡の評価(記事はこちら) 領域の連鎖不平衡の評価と連鎖不平衡ブロックの作成(記事はこちら) 連鎖不平衡ブロック内ハプロタイプの推…

第9限 ケース・コントロール関連検定・多点解析補正

今、2つのSNP(SNP_A,SNP_B)があるとする。次の4つの場合を考える (1)SNP_AとSNP_Bとは異なる染色体上にある(連鎖不平衡には(絶対に)ない、SNP_AのジェノタイプがわかってもSNP_Bのジェノタイプが何であるか、予想ができない) (2)SNP_AとSNP_Bとは、同じ遺…

第8限 ケース・コントロール関連検定・ブロックハプロタイプでの関連検定

ハプロタイプの関連検定は、haplo.statsなどもこのブログで紹介(記事はこちら)しているが、定番が(まだ)ない(ハプロタイプでの関連検定の手法のいくつかについての概説記事はこちら)。その主な理由は次の通り 領域ごとにハプロタイプ種類(アレル)数が異なり…

第7限 ケース・コントロール関連検定・単一SNPでの関連検定

ローカスの強さの指標とその検定-他のデータ解析・検定と同様に、「強さ」と「統計的有意差」からなる 「強さ」も「統計的有意差」も算出する方法はある。問題は、何を比較したいか(何を比較しないか)を了解してから実行することである 関連範囲の絞込みにお…

第3限 SNP-SNPペア間の連鎖不平衡の評価

2マーカー間の連鎖不平衡関係を評価するとは、2マーカーが作るハプロタイプ(SNP2個の場合は4ハプロタイプ)の頻度の分布をもとに、「連鎖不平衡の程度」を「量」で表す方法と、「連鎖不平衡」の存在を「質(検定)」で表す方法とに分かれる いずれも、ハプ…

第4限 領域の連鎖不平衡の評価と連鎖不平衡ブロックの作成

あるマーカーとあるマーカーの間の連鎖不平衡の強さは、そのマーカー間におきた組み換えの多寡を反映している。組み換えは、マーカー間の距離と、その2マーカーが共存した時間とに影響を受ける。近接するマーカーよりも互いに遠距離にあるマーカー間の方が…

連鎖不平衡のLODと尤度比検定

※ この記事の本体部分(Arlequinを用いた遺伝解析実習はこちら) ペアワイズLDの算出はLDブロックの基本である。論文等でもっともよく用いられるLD指標はr^2,D'である。また、Haploviewにては、それらに加えて、LODが用いられている。D',r^2については、比較的…

Haploviewに実装された諸ツールの出典

HaploviewはHapmapプロジェクトデータからのデータダウンロードに対応したSNPデータの連鎖不平衡解析ツールである。そのウェブサイトはこちら。その公開は論文化に先立ってなされていたが、その概要の論文化は2005年に入ってから(Barrett JC, Fry B, Maller …

Haploviewを用いた連鎖不平衡マッピング解析実習

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