PPV

Knockoff 変数によるFDR

資料はこれ(基本)とこれ(GWAS等への拡張) Rのパッケージはknockoffで、そのgithubがこちら 考え方の基本 FDRをしたい 多変量解析をしていて、いくつかの変量は従属変量に意味のある寄与があり、残りの変量は意味がない、というように振り分けたい その振り分…

判定条件の検討

スクリーニングという方法がある 「完璧」はありえない 感度を立てれば特異度を失う、そしてその逆も 量的検査値でこれを考えるときにはrocカーブが使える スクリーニングのときには、スクリーニング方法・条件をパラメタ化して、それに応じて感度特異度が出…

対立仮説に分布を想定したときのPPV

こちらの続き 普通の場合(1つの帰無仮説と1つの対立仮説を想定した場合) 帰無仮説ではm.null、対立仮説ではm.altであるとする 今から、調べようとしているのだが、帰無仮説が成り立つ確率をpnull、対立仮説が成り立つ仮説をpalt (pnull + palt = 1)と考え…

検査を使って判断する

こちらで臨床検査の感度特異度の話、そのベイズ的使用のためにきおくするべきことの話が出ている 興味深い 現実医療現場では、「状況(事前確率の高低カテゴリ)」「使用検査」「判断したいこと=確定診断したい・ルールアウトしたい」の組み合わせに対して、…

疾患が一様でないとき

関節リウマチを例に取ろう 以下の議論は「RF(+)リウマチとRF(-)リウマチ」という2種類のリウマチがあるので、厳密には、「診断確定のための検査」とは議論が異なるのだが、そのことはまた別の機会に書くとして。(気になる場合には、何かほかの検査なり情報…

診断基準の項目数と必要項目数

こちらから 診断基準というものを使って、診断することがある もっとも単純には、N個の項目を立て、そのうちn項目が陽性ならば、その疾患であると診断しよう、というようなものである ここで、さらなる単純化をして、N項目について、「真に疾患であるときの…

ACCE (Analytic validity, Clinical validity, Clinical utility and associated Ethical, legal and social implications) project by CDC(USA)

臨床的妥当性(Clinical validity)という概念 ACCE 文献:Beyond odds ratios --- communicating disease risk based on genetic profiles. P Kraft et al. nat reviews genet 10:264-268 2009