データシミュレーションなどをするときには、LDの強さに応じてハプロタイプ頻度を与える必要がある。 一番、頻用するのは、２SNP間のLDの強さに応じて４ハプロタイプ頻度を与えるような場合である。 LDインデックスの１つであるは、２SNPのアレル頻度が与え…

羊の3'UTR SNPがmiRNA標的を壊すことで機能性多型となっている Clop, A. et al. A mutation revealing a potential illegitimate miRNA target site in the myostatin gene is a quantitative trait nucleotide with major effect on mascularity in sheep. …

大規模データ・複雑データを一括してシンプルに扱うことを念頭に置いたメモ。 パーミュテーションテストについては、こちら、FDRについては、こちら、のそれぞれ、前掲記事と関連している。 SNP data の処理 ０ データ構成 マーカー数 M サンプル数 N(ケース…

Skol AD et al. Joint analysis is more efficient than replication-based analysis for two-stage genome-wide association studies. 2006 Nat Genet 38(2):209-13 リンクはこちら 同論文で実行されている検出力等の計算アプリケーションのダウンロードサ…

SNP計算エクセル(一括処理用はこちら)。従前からファイル(こちら)の姉妹版