emdist

Earth Mover's distanceのR計算その2

library(emdist) my.emd <- function(A,B,r=100){ tandem.AB <- c(A,B) # そのtop 100をカットオフとする s.t.AB <- sort(tandem.AB,decreasing = TRUE) #cutoff <- s.t.AB[floor(length(tandem.AB)*r)] cutoff <- s.t.AB[r] # カットオフ以上の値の番地をと…

Earth Mover's distanceのR計算

2次元の分布としてのメタボロームデータのことをやっている EMdist,Wass...についてはこちらを そのほかとしてはTransportation problemであって、その解法はハンガリアンメソッドだという ハンガリアンメソッドは(重み付き)割り当てマッチング(こちら)でも…

2 Dynamical systems and time series ぱらぱらめくる『DIstance-based analysis of dynamical systems and time series by optimal transport』

Abstract Wasserstein distance を使う、Wasserstein distance はOptimal transportation problemの量的コストである、それを使うと、非線形現象をロバストに解析することができる 2.1 Introduction 時系列解析 線形時系列解析 非線形時系列解析 断続アリ、…

Earth Mover's distance

Wasserstein metricは分布の差異を表す指標(Wikiの記事) 1st Mallows and Wasserstein distancesとしてEarth Mover's distance(EMD)がある(Wikiの記事) EMDの計算はRでは、emdistパッケージ EMDはTransportation problem(Wiki記事)を解くことで求められると…