f

メモ

f Fst

これまでの記事でinbreeding coefficient とWright' Fstとにつきあるときはf,あるときはFst,あるときはfst,などと表記が入り組んでいた。 この記事で述べた言い換えのこともある。 inbreeding coefficientをf,Wright's Fst をFstと統一した(気がついた範囲で…

改良する

HWDもLDも、SNPペアのジェノタイプの分布に従属性を発生させる要因である。 LDは、1パラメタにて9ジェノタイプ全体に及ぶ依存関係を発生させる。 HWDは、階層構造をなしており、個々のSNPについてヘテロとホモとの間のHWEからの乖離として定めら…

LDのときのジェノタイプ頻度とLEのときの差

LEのときの頻度とLDのときの頻度の差をとし、LDのときのハプロタイプ頻度を次のように表すと、9ジェノタイプの乖離は

作ってみる。

HWDもLDも、SNPペアのジェノタイプの分布に従属性を発生させる要因である。 LDは、1パラメタにて9ジェノタイプ全体に及ぶ依存関係を発生させる。 HWDは、階層構造をなしており、個々のSNPについてヘテロとホモとの間のHWEからの乖離として定めら…

fメモ

f

ホモ a ヘテロ b 逆ホモ c () アレル頻度r

メモ

f

2x3表がある ケースN人、コントロールM人、合わせてT人 ケース・コントロールを合わせた、SNPの3ジェノタイプカウントが、a+b+c=Tとする 合算のアレル頻度がr=(a+b/2)/T、、HWE下で期待されるヘテロの数がbe=2Tr(1-r) f=1-b/be 今、ケースとコントロール…

2x3表トレンドカイ自乗統計量とアレル2x2表カイ自乗統計量とinbreeding coefficient f との関係の復習

関連記事はこちらやこちらやこちらやこちら 2x3分割表 AAAaaasum caseabcg controldefh totalijkn アレルについて作成した2x2分割表 Aasum casexy2g controlzw2h totaluv2n ただし、x=2a+b,y=b+2c,z=2d+e,w=2f+e アディティブモデルのトレンドカイ自乗統計量…

構造化集団のシミュレーション

Genomic controlのレビューを紹介した(記事はこちら)。その中で、構造化集団の構造化の程度をfで表し、それを用いて、集団のHWEから外れたジェノタイプ頻度の計算と、構成亜集団のアレル頻度のばらつき具合についての記載があった。 平均アレル頻度pに対して…