Newick書式から系統樹を描く



系統樹を描くための情報は


((hap1:1.5,hap3:1.5):1.5,(hap2:0.5,(hap0:2.33333333333333,hap4:0.666666666666667):1.5):0);

のような書式に盛り込むことがある。これをNewick書式と言う。

この書式を読んで系統樹を描くアプリケーションはフリーのものもある(TreeViewなど)が、自作のプログラムに組み込むのには向かない。

フリーの統計ソフト「R」にてNewick書式がハンドリングでき、系統図が描けるので、その設定について備忘録として残す。

Rのパッケージ ape をインストールする。

>library(ape) にて読み込む。

apeに含まれる関数 read.treeにて、Newick書式が書かれたテキストファイル"hogenewick.txt"を読み込む

>read.tree(file="hogenewick.txt")

※ワーキングディレクトリにファイルを置いていなければ、ファイルにパスを通す必要がある

これによって、phyloというオブジェクトに取り込まれたので、ハンドリング可能である。

系統樹を描くには

>plot(read.tree(file="hogenewick.txt"))

とすればOK。

dviout for Windowsの設定



テキストエディタによってLaTeX形式の記載をし、数式などを多用した文書を作る。実際にそれをPDF化したり、PDF化したらどう見えるかを確認したりするためのWindows用アプリケーションがdviout for Windowsである。Vector  Vector Softライブラリ などの DLページ dviout for Windows(Windows95/98/Me / 文書作成) で「tex317w.exe」などをとってきて、適当に自己解凍インストールする。ほとんど選択の余地のないインストールなので失敗する点は多くないが、唯一、初回の起動時に最低限の設定をするウィンドウが立ち上がる。

はじめは、ページ設定なので、デフォルトのA4を選び、ついで、「TEXROOT」というのと「TEXPK」というのが訊かれる。Guessを選べばよい、と書いてあるウェブサイトなどもあったけれど、少なくとも僕は失敗した。数学用のフォントとかを使いたかったからかも知れない。数学用とかのフォントはptexというのを別途DLしてきて、その解凍先を「TEXROOT」に指定してやった。僕のマシンの場合は c:\ptex\share\texmf\fonts 

フォントに関する設定は初期起動時に失敗しても、ツールバー Option -> Setup Parameters から立ち上がるウィンドウのFont タグ、Font2 タグから設定しなおせるので、失敗したらそちらから。