１ 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え)

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２ 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史(Out-of-Africa, Founder effect, Bottleneck)

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３ SNPのデータ構造とそのLD,HWD

• SNP
  • diallelic
• 数に関すること
  • No. SNPs ns
  • No. haplotypes nh,
  • No. genotypes, phased, ngp,
    • Homozygous types
    • Heterozygous types
  • No. genotypes, unphased, ngu,
• LD/LE
  • ハプロタイプ頻度とＳＮＰアレル頻度との間の独立性
• Diplotype
  • アレルのペア
• HWE/HWD
  • Diplotype頻度とＳＮＰアレル頻度との間の独立性
• LDの評価指標と検定指標
  • r^2,D'
    • その意味
    • カイ自乗値との関係
    • 関連検定統計量との関係
  • LOD
• HWE検定
  • カイ自乗検定
  • 正確確率検定
  • Fixation indexとの関係
• 3x3表としての２ＳＮＰの独立性
• Fixation, 構造化とLDとの関係
• LDとAllelic association
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４ 複合遺伝性疾患とその形質分類

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５ 単一SNPの検定手法(2x3ケースコントロール、その他のカテゴリカル形質、量的形質、漸近近似手法・正確確率手法・パーミュテーション手法・尤度比手法、具体的な手法各論)

• 検定の分類
  • 漸近近似
    • 漸近近似検定
    • 尤度比検定
  • 正確検定
• 2x3分割表検定の諸相
  • 自由度２検定
  • 自由度１検定
  • Biased 検定
  • ロジスティック回帰
• カテゴリカル形質、順序なし、順序あり
  • Kruskal-Wallis, Jonckheere-Terpstra
  • ロジスティック回帰
• 量的形質
  • 線形回帰、対数変換
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６ GWAS(データＱＣ問題と対処、マルチプルテスティング問題の影響と対処、集団構造化の影響と対処、Frequentist以外の判断(ベイズ・FDR))

• データＱＣ
  • データＱＣはなぜ必要か
  • データＱＣ総論
  • 基本がわかれば、後は、応用
• マルチプルテスティング
  • 概論
  • 対処法
  • 集団構造化
  • 概論
  • 対処法
    • ＳＮＰひとしなみ
    • ＳＮＰ個別
    • サンプル層別化
• Non-frequentist
  • FDR ベイズ〜マルチプルテスティング対応
  • 特にサンプルサイズが大きくできないもの
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７ GWAS後(GWASスクリーニング後のこと。バリデーション・レプリケーション、メタアナリシス、異民族解析、ファインマッピング)

• バリデーション・レプリケーション
  • 発端研究でのバリデーションセットの重み
• レプリケーションスタディのやりかた
  • タイプ１エラーの評価
  • パワー
  • 手法　メタアナリシス
• 異民族のこと
  • 異民族スタディの意義、ＬＤ構造の違い
  • 民族間リスク差の有無と解釈
  • その場合のメタアナリシス
• 責任アレルの同定
  • ファインマッピング、マーカー組み合わせ〜ハプロタイプ評価
  • サンプリングバイアスと関連ピーク
  • ｐ値とオッズ比
  • 異民族サンプルの意義
• 家系サンプルによるバリデーション

８ リスク多型の機能性・因果関係評価(分子遺伝学的側面)

• 分子遺伝学おさらい
• 多型と分子遺伝学・分子レベルのアレル特異性
• 関連と因果
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９ SNP-LD mapping、上記ルーチンのその先(フェノタイプネットワーク、パスウェイ解析、遺伝子組み合わせ、前向き)

10 CNV(データ構造と解析手法)

• CNVジェノタイプデータ
• 関連検定
• Heterogeneity検定
  • マン・ホイットニー・ウィルコクソン
  • ２群わけ
  • ロジスティック回帰
  • トレンド検定
• HWE検定
  • ハンドアウト

11 結語(自分のデータといかに向き合うか)

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時間配分

• １　遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え)
• ２　集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史(Out-of-Africa, Founder effect, Bottleneck)
• ３　SNPのデータ構造とそのLD,HWD
• ４　複合遺伝性疾患とその形質分類
• ５　単一SNPの検定手法(2x3ケースコントロール、その他のカテゴリカル形質、量的形質、漸近近似手法・正確確率手法・パーミュテーション手法・尤度比手法、具体的な手法各論)
• ６　GWAS(データＱＣ問題と対処、マルチプルテスティング問題の影響と対処、集団構造化の影響と対処、Frequentist以外の判断(ベイズ・FDR))
• ７　GWAS後(GWASスクリーニング後のこと。バリデーション・レプリケーション、メタアナリシス、異民族解析、ファインマッピング)
• ８　リスク多型の機能性・因果関係評価(分子遺伝学的側面)
• ９　SNP-LD mapping、上記ルーチンのその先(フェノタイプネットワーク、パスウェイ解析、遺伝子組み合わせ)
• 10　CNV(データ構造と解析手法)
• 11 結語

• １＋２＋３で２ユニット(３時間)
• ４＋５で２ユニット
• ６＋７で２ユニット
• ８+９+10で２ユニット　くらいか。

• １＋２で４ユニット(６時間)
• ３で２ユニット(３時間)
• ４＋５で２ユニット(３時間)
• ６で１ユニット(1.5時間)
• ７で１ユニット(1.5時間)
• ８＋９で２ユニット(３時間)
• 10で１ユニット(1.5時間)

くらいのようだ。１３ユニット。半年、週１こまくらいは必要。