Most recent common ancestor文献メモ



  • 文献
  • この論文で用いられているグラフ理論の用語や指標はこちら
  • 染色体のタイプ別
    • Maternal line: Mitochondrial DNA
    • Paternal line: Y染色体(但し、psuedoautosomal region等を除く)
    • その他(Autosomal chromosomes)
  • Random mating モデルでの試算
    • 染色体のタイプ別とmost recent common ancestorまでの世代時間 T_n(単位は世代)
      • Population sizeを nとする
      • Maternal/paternal lines:  T_n ¥sim n
      • Autosomal line:  T_n ¥sim ¥log_2n
    • Most recent common ancestorは大雑把にどのくらい前か?
      • 100万人の集団のmost recent common ancestorはautosomal lineとして20世代前(紀元(後)1400年)くらい、maternal line としては50,000倍前(1,000,000年前とか)・・・あくまで人口動態等を簡単なモデルとしての計算上の数値
    • Identical ancestors pointはどのくらい前か
      •  U_n ¥sim 1.77¥log_2n (単位は世代)
  • 集団が亜集団に別れ、亜集団内でランダムメイティング・亜集団間でmigrationがあるとした場合
    • 亜集団をノードに、migration関係にある亜集団ペアの関係をエッジとしたグラフを作成し、そのグラフについて半径・直径・デルタなどの指標を用いて、populationサイズ無限大を仮定すると、次のような関係になることが知られる
      • グラフの半径R,直径D,¥Delta
        • T_n¥sim(R+¥Delta)¥log_2n
        • U_n¥sim(D+1.77)¥log_2n