FIG_G出力ファイル



WF_ARGアプリケーションでシミュレーション起動時に立ち上がるVGJウィンドウのメニューバー FileからOpen(GML)を選び、該当gmlファイルを指定する。左から右に向かって世代が進む。描図にあたって、京大医学研究科ゲノム医学センターのウェブサーバ上の画像ファイルを読み込んでいるので、インターネット接続のない環境で描図すると、ファイルの読み込みエラーが表示されます。また、大きすぎるグラフは、VGJのメモリ限界を超えて表示できません。SVGファイルの方が若干描図限界が大きいようです。ノード名の表示が邪魔な場合には、メニューバーからPropertiesを選び、Use Node ID AS Default Label の選択をはずします

  • グラフのノード(頂点)とエッジ(辺)が表すものにより2パターン・3ファイルが"FIG_G"以下に出力される
  • パターン1:個々の染色体をノードで、その伝達関係をエッジで表す場合
    1. ndividual.gml
      • 緑のノードは始祖、ピンクは組換え体・褐色は組換えなしの非組換え体
  • パターン2:同一のハプロタイプ型をノードで、その伝達関係をエッジで表す場合
    1. hapfreqAll.gml : すべてのハプロタイプを表示する場合
    2. hapfreq.gml : 実行時に指定した頻度以上のハプロタイプのみを表示する場合

個々のノードの大きさは、ハプロタイプの頻度を表す。小さすぎるノードの絵が滲むことがあるが、適宜、Scaleを変更することで対処可能な場合が多い。それぞれのハプロタイプの置換塩基の位置は、SelecteNodesでノードを選び、ダブルクリックすると、Data1欄に表示される