plink... Whole Genome Association toolset

Population geneticsに関する諸ツールのデパートがArlequin(サイトはこちら、記事はこちら)とするなら、plink...(サイトはこちら、記事はここ)は(ホールゲノム)アソシエーション解析の諸ツールのデパート。

• 概要
  
  • 実行内容は多彩であり、一筋で説明しにくいところもあるので、あくまで概要を記す。
  • 実行環境・ダウンロード
    
    • Linux(32,64), Solaris,Mac,MS-DOSおよびC/C++ソース
  • 入力ファイル
    
    • ジェノタイプファイル(xxx.ped)とマーカー位置ファイル(xxx.map)の２ファイルを基本とし、サンプル形質情報ファイル(xxx.phe)を用いることもある
      
      • サンプルファイルダウンロード先
    • 処理実行にあたって、バイナリーファイルを作成してもよい
  • 解析の基本構成
    
    • １　データ全体の集計と評価、それに基づく、解析対象データの絞込み
    • ２　Stratification評価
    • ３　個別マーカー関連検定(パーミュテーションテストを除く補正を含む)
    • ４　パーミュテーションテスト補正
    • ５　マーカーセット解析
    • ６　Epistasis
    • ７　その他