1 データ全体の集計と評価、それに基づく、解析対象データの絞込み



  • 不明コール
    • 不明コールがランダムに入っていれば、独立性検定上は受け入れられるが、偏りは受け入れにくい
    • 不明コール上の外れ値を持つ検体・SNPを排除するのは1つの方法
      • 不明コールの多い検体
      • 不明コールの多いSNP
    • 排除するわけに行かない(行きにくい)不明コール
      • 不明コールの多い形質
      • 不明コールの多いジェノタイプ
      • 不明コールの非ランダム性("Identity-by-missingness (IBM)")
  • Hardy-Weinberg 平衡検定
  • アレル頻度
  • LD-based SNP刈り込み(pruning)
  • 遺伝エラー(メンデルの法則エラー、家系エラー)
  • 解析対象データの絞込み
    • 不明コールの多い検体
    • 不明コールの多いマーカー
    • アレル頻度
    • HWEテスト
    • メンデルの法則エラー