５ マーカーセット解析

• plink...は大規模フェージングを志向しておらず、標準的なEMアルゴリズムでのハプロタイプ推定を行っているので、ハプロタイプを組めるSNP数は少ない
• ハプロタイプ数ｈのローカスについて、h-1自由度の分割表(２ｘｈ）検定ｘ１と、自由度１の２ｘ２分割表検定ｘｈとが実施される。