Grammatical evolutionを用いたGene x Gene interaction 推定@GAW15

進化的計算(Wikiはこちら)のひとつである、Grammatical evolutionを用いて、クロスバリデーションをしながら、膨大なG x G interactionsの中から、強い関係のそれを見つける手法が新規手法の紹介があった。MDRのDr. Lichieのラボから。

Grammatical evolutionについてはwikiがこちら。Grammatical evolutionのワークショップのサイトがこちら。

進化的コンピュテーションは人工知能の分野で、組合せ最適化に関することを(も)扱う。そのひとつである遺伝的アルゴリズムは遺伝現象に見られる変異・組み換え・選択を使ったアルゴリズムであるが、そのアルゴリズムでは、原則として因子の関係を探索するにあたり、均一に扱ってネットワークを形作る。今、ある形質についての情報をもとにして、G x G interaction, G x E interactionを扱おうと思うと、(少なくとも)形質の因子とその他の因子とを区別したい。この区別をするにあたり、「文法」という規則を導入したものがGrammatical evolutionである(と思う)。こちらのサイトも参考に。