トレンドテスト

補足記事がこちら

※この記事の式とソースは、トレンドカイ自乗テストのそれである。Cochran-Armitage trendテストは補足記事。

SNPジェノタイプデータについて、Armitage's trend testを付け加える用ができた。エクセルはこちら

検算はこちらのサイトの例で実施。

式は

ただし、２ｘ３の分割表が

のような場合

	public static double trendChi(double[][] data){

		double N=0;

		double R=0;

		double S=0;

		double[] n = new double[data[0].length];

		for(int i=0;i<data.length;i++){

			for(int j=0;j<data[i].length;j++){

				N+=data[i][j];

				if(i==0){

					R+=data[i][j];

				}else if(i==1){

					S+=data[i][j];

				}

				n[j]+=data[i][j];

			}

		}

		//System.out.println("data[0][1] data[0][2] "+data[0][1] + " " + data[0][2]);

		//System.out.println("N="+N+" R="+R+" S="+S);

		//System.out.println("n1n2n3="+n[0]+" "+n[1]+" "+n[2]);

		double Y=(N*Math.pow((N*(data[0][1]+2*data[0][2])-R*(n[1]+2*n[2])),2))/

			(R*S*(N*(n[1]+4*n[2])-Math.pow((n[1]+2*n[2]),2)));

		//System.out.println("Y="+Y);

		double s=Math.pow(3,2);

		//System.out.println("3^2="+s);

		return Y;

	}