7 CNPケースコントロール関連検定手法をSNPケースコントロール関連検定手法から拡張する

  • SNPは3ジェノタイプ、CNPはNg=3以上のジェノタイプがある
  • SNPの検定手法ごとに対応する手法を右に示す
    • ジェノタイプを順序なしカテゴリとする
      • (1)2x3分割表のカイ自乗検定・・・対応検定2xNg分割表カイ自乗検定
      • (2)その正確確率検定・・・その正確確率検定(計算量が多く非現実的)
    • 特定モデル
      • Additive model相当・・・コピー数和について1ずつ重みを加えるモデル
        • 傾向性検定
          • (3)Cockran-Armitage・・・なし
          • (4)Trend カイ自乗検定・・・SNPに同じ
        • (5)アリルの2x2表カイ自乗検定・・・アリルの2xNa表カイ自乗検定
        • (6)アリルの2x2表正確確率検定・・・その正確確率検定(計算量が多く非現実的)
        • (7)Mann-Whitney・・・SNPに同じ
        • (8)線形回帰・・・SNPに同じ
      • 優性モデル相当・・・コピー数の多寡の閾値に応じて、多様になる
        • コピー数和が閾値以下とそれより大の2群に分ける
        • (9)2x2表作り直しカイ自乗検定・・・SNPに同じ
        • (10)2x2表作り直し正確確率検定・・・可能(ただし、正確確率の計算方法は不適切)
        • (11){1,1,0}重み付けの傾向性カイ自乗検定・・・{1,1,...,1,0,0,...0}のように重み付ける。SNPに同じ
      • 劣性モデル相当・・・優性モデルで述べた拡張法に含まれる
        • (12)2x2表作り直しカイ自乗検定
        • (13)2x2表作り直し正確確率検定
        • (14){1,0,0}重み付けの傾向性カイ自乗検定
    • サンプル2x6分割表
49	42	9	12	5	4	
45	41	14	11	3	6	
    • 結果
---ジェノタイプを順序なしカテゴリとする
(1)		2x6 Table ChiSqTestP(df=5)
(2)	-----------------
---Additive model相当
(3)	-----------------	Cockran-Armitage Trend P
(4)	0.6603449799708931	TrendChiSqP
(5)	-----------------	2x2 Table of allele ChiSqTestP(df=1)
(6)	-----------------	2x2 Table of allele ExactP
(7)	0.5475621670659176	Mann-Whiteney
(8)	0.6619374063504799	Linear Regression
---優性・劣性モデル相当
(9)	0.6335392359321141	1	More than 0コピー vs. Others	
	0.5338275983821452	1	More than 1コピー vs. Others	
	0.8868654597888093	1	More than 2コピー vs. Others	
	0.985398587937991	1	More than 3コピー vs. Others	
	0.5096336907791201	1	More than 4コピー vs. Others