Gene set enrichment analysis

• GSEA(Gene set enrichment analysis)
  • Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles Aravind Subramanian PNAS | October 25, 2005 | vol. 102 | no. 43 | 15545-15550
  • Its commentary
• Microarray 体系的発現データの解析手法は大きく２群に分けられる
  • Unsupervised methods (データから関係そのものを見出させる？)
  • Supervised methods (データに、ある関係を与え、その関係との一致の程度について検討させる？)
  • GSEAはsupervised methodsの１つ
  • GSEAの手続き
    • 着目形質と遺伝子との関連を数値化し、ランク付けする
    • 遺伝子のセットについて、そのセットが持つランクを取得する
    • セットが持つランク(複数)から、Enrichment scoreを計算する。このスコアは、「遺伝子セットが形質と関係ないとしたら、得られるであろう、ランク(複数)の分布において、どのくらい、関連側に外れているか」を知るために用いられる