Selective sweep
- Selective sweep
- 有利な変異の起きたハプロタイプが集団中の頻度を上げるために、その有利変異周辺にある多型の間のAllelic associationには、そのような変異がない場合とは異なる特性が観測される
- そのような特性を検出する統計量がいくつかある
- Haplotype-based and linkage-disequilibrium-based methods
- rEHH: relative extended haplotype homozygosity
- iHS: integrated haplotype score
- Site frequency spectrum(SFS)-based methods
- Tajima's D-based test
- population subdivision-based tests
- Deviation of Fst
- levels of variability-based tests
- HKA-test
- Haplotype-based and linkage-disequilibrium-based methods
- Recent and ongoing selection in the human genome Rasmus Nielsen, Ines Hellmann, Melissa Hubisz, Carlos Bustamante & Andrew G. Clark p857 | doi:10.1038/nrg2187