３ SNPのデータ構造とそのLD,HWD

• SNP
  • diallelic
• 数に関すること
  • No. SNPs ns
  • No. haplotypes nh,
  • No. genotypes, phased, ngp,
    • Homozygous types
    • Heterozygous types
  • No. genotypes, unphased, ngu,
• LD/LE
  • ハプロタイプ頻度とＳＮＰアレル頻度との間の独立性
• Diplotype
  • アレルのペア
• HWE/HWD
  • Diplotype頻度とＳＮＰアレル頻度との間の独立性
• LDの評価指標と検定指標
  • r^2,D'
    • その意味
    • カイ自乗値との関係
    • 関連検定統計量との関係
  • LOD
• HWE検定
  • カイ自乗検定
  • 正確確率検定
  • Fixation indexとの関係
• 3x3表としての２ＳＮＰの独立性
• Fixation, 構造化とLDとの関係
• LDとAllelic association
• スライド