遺伝子ネットワークで複合遺伝性疾患を。eQTLと。
- Systems Genetics Networking complex traits. M Swami nat reviews genet 10:2009
- Mapping complex disease traits with global gene expression. W Cookdon et al. nat reviews genet 10:184-194 2009
- Systems genetics of complex traits in Drosophila melanogaster. JF Ayroles et al. nat genet 41:299-307 2009
- 遺伝子の相互作用ネットワークによって形質が決まるが、それを解明するための方策
- microarray技術を用いてgenome-wide transcript(transcriptome)情報をとり、形質との関連を探る
- expression QTL(e-QTL):transcriptの量を量的形質とし、それと関連する遺伝因子のマッピング
- 疾患形質と関連するSNPが同定され、その多型がtranscript量と関連しているときそれはeSNP(expression (に影響する)SNP)と呼び、SNP->transcript量->...->疾患という仮説が浮かぶ
- Heritability:各トランスクリプトの発現量には相当程度のHeritability(発現量の分散のうち、遺伝的に説明される割合)が認められており、特にHeritabilityの強い(
とか)なら、GWAS形式で検出できる。これまでの例では、このようにして同定された発現量影響ＳＮＰは、Heritabilityが示す遺伝要因の一部分のみを説明しているこｔも示されている(20％未満とか)
- cis-actingとtrans-acting:cis-actingはコーディング遺伝子の上流・下流せいぜい100kb程度の範囲での影響と考えて解析されている。trans-actingには範囲はなく、その影響の由来については不明な点が多い。
- SNPが説明するHeritabilityは低い理由としては、CNVなど、SNP以外の多型の影響も予想される。また、DNA塩基配列以外に、epigenetic factorsによる部分もあるとみられる(DNAメチル化とヒストン修飾)。
- e-QTLとGWAの使い方
- 両方やってあわせる。
- GWAをの結果の解釈にe-QTLを使う
- eQTL databases
- VarySysDB
- mRNA by SNP Browser
- GTExプロジェクト（複数の組織から多数のサンプルを採取し、その体系的発現データを公共データベース化するプロジェクト）
- HLA領域のe-QTL:MHC antigen分子も発現量の違いがあり、それが疾患リスクとつながっている可能性を示唆するデータあり
- 遺伝子ネットワークが形質に影響を与えており、その関係解析にe-QTLが援用される
- 遺伝子ネットワーク、それをTranscript module（モジュールについてはこちらを）で解析することができて、それについては、Weighted Gene Co-expression Networkサイトに良くまとまっているとの記載あり
- Transcript解析は、exon arrayやRNA resequencingなどの実験技法の発展と、解析対象組織の増加などにより、データが充実することが予想され、その統計解析手法の開発も進んでいて、これらをDNA多型との関連の解析は実り多いと期待されている。
