多数のomeデータベースの今後

  • Genotype-phenotype databases: challenges and solutions for the post-genomic era. GA Thorisson et al. nat reviews genet 10:9-18 2009
  • 数多くのデータベースが存在しているが、今後はそれらを横断的につなぐ必要が出る。そのことについての現状概観と今後の動向に関するレビュー
  • 従来型のデータベースはcentralized database(中央集権型)
  • 今後は複数の核となるデータベースが、相当程度の役割を持ちつつ、それらが相互連結された連合型のデータベース federated database
    • データのハンドリングの諸段階は双方向性の関係を。
      • Data production
      • Data packaging and release
      • Data deposition into the WWW
      • Data aggregation or federation
      • Data search and finding fruits
    • 必要なこと
      • Syntax(構文)とSemantics(解釈する(される)意味・プログラムの動作)の標準化
      • Object (data elements) model
      • Exchange format
      • Ontology
      • Globally-unique identifier
      • Web service
  • たとえば、caGrid