Cytoscape

  • 発現解析に限定せず、グラフ可視化に転用しやすいとよいのだが・・・
  • すくなくともオープンソースで、Javaで、ネットワーク〜グラフで、可視化
  • こちら
    • Javaソースをダウンロードして、解凍、その後、eclipseで適当な名称で、Javaプロジェクトを新規作成。プロジェクトのインポートで、ファイルシステムを選んで、インポート元のディレクトリーの選択で、先に解凍したディレクトリを指定。すべてを選択して、上書きOKで。終わり。
    • 実行は、src以下のcytoscapeパッケージのCyMain。これを選んでeclipse上で実行すれば、アプリケーションが立ち上がる。