Milestone 10

  • 10. Whole genome shotgun
  • バクテリオファージの48Kbの塩基配列の読了が1982年
  • 長大配列を切断して、それを読むにあたり、切断断片の順序を守って読む方法(map-based)と、ランダムな断片にして読んだ上でアセンブルする方法の2つが考慮された
  • 短い配列へのランダム断片化がshotgun
  • shotgunでは、ギャップを埋める部分の困難が予想された
  • ギャップの数を減らすために、大きな断片クローンの解読へと移行
  • map-basedとrandom断片は、今でも、向き不向きがあり併用
  • Whole genome shotgunがインフルエンザ菌ゲノム 1800 kbに用いられたのが1995年
  • インフルエンザ菌ゲノムの1500倍の長さのヒトゲノムでのshotgunは、ある程度のアセンブル済み配列の存在と、BAC(Bacterial artificial chromosomes)ライブラリーを利用することで、全ゲノム適用が可能になった
  • セレラは全ゲノムshotgun、Internatilnal Human Genome Sequencing Consortiumはmap-based