Nh<-10
Nm<-20
H<-matrix(sample(c(0,1),Nh*Nm,replace=TRUE),Nh,Nm)
- 染色体が2本合わさってディプロタイプを作る
- 染色体のプールからランダムにペアを作るとそれはHWE仮定
ShuffleAndDiploid<-function(h){
Nh<-length(h[,1])
H<-h[sample(1:Nh),]
H1<-H[1:(Nh/2),]
H2<-H[(Nh/2+1):Nh,]
H1+H2
}
- 多型性のないマーカーをシミュレーションで作ったら、除去してやりたい
RemoveNonPolymorphic<-function(h){
m<-apply(h,2,min)
M<-apply(h,2,max)
h[,which(m!=M)]
}
prob<-cos((1:Nm)*0.05)
prob<-prob-min(prob)
t<-sort(sample(1:Nm,Nh,prob=prob,replace=TRUE))
H<-H[sample(1:Nh),]
image(cor(H))
- ハプロタイプ同士の遠近関係(距離)はマンハッタン距離を用いる、そしてNJ法で木表示しよう
Nh<-200
Nm<-100
H<-matrix(0,Nh,Nm)
prob<-cos((1:Nm)*0.05)
prob<-prob-min(prob)
t<-sort(sample(1:Nm,Nh,prob=prob,replace=TRUE))
plot(t)
for(i in 1:Nh){
H[i,1:t[i]]<-1
}
H<-RemoveNonPolymorphic(H)
dim(H)
image(cor(H))
library(ape)
plot(nj(dist(H,method="manhattan")),type="u")
G<-ShuffleAndDiploid(H)
plot(nj(dist(G,method="manhattan")),type="u")
genes<-matrix(0,1,2)
genes[1,1]<-1
genes[1,2]<-length(G[1,])
p<-c(rep(0,Nh/4),rep(1,Nh/4))
Ks<-3
CheckDists<-0:6
sss3<-SpherePowerGene(p=p,g=G,ptype=c(0,1),genes=genes,Ks=Ks,CheckDists=CheckDists,nperm=100)
matplot(t(sss3$powers),type="l")