連鎖不平衡にあるマーカーのバリエーション

• サンプルを集めたらアレル頻度0.5のSNPマーカーがいくつかあったとする
• 今、あるマーカーとのLD関係がで等しいようなマーカーを複数作ることを考える
• ２通りで作ろう
  • １つ目
    • 次のように、すべてのマーカー同士の関係が均等
    • 個のマーカーが作れる

Nh<-40
step<-2
Nm<-round(Nh/2/step)
hcenter<-c(rep(0,Nh/2),rep(1,Nh/2))

H1<-rbind(matrix(0,Nh/2,Nm),matrix(1,Nh/2,Nm))
for(i in 1:Nm){
	H1[((i-1)*step+1):(i*step),i]<-1
	H1[(((i-1)*step+1)+Nh/2):((i*step)+Nh/2),i]<-0
}

cor(H1)

• • ２つ目
    • 中心となるマーカーとの関係が等しいようなマーカーを作る
    • 中心以外のマーカー同士は近かったり遠かったりする
    • 個のマーカーが作れる

Nm<-6

H2<-hcenter
for(i in 2:Nm){
	t1<-sample(1:(Nh/2),step*2)
	t2<-sample((1+Nh/2):Nh,step*2)
	tmp<-hcenter
	tmp[t1]<-1
	tmp[t2]<-0
	H2<-cbind(H2,tmp)
}

cor(H2)