Rare variant association analysis methods for complex traits

• レビュー Rare variant association analysis methods for complex traits, by J. Asimit and E.Zeggini in Anu.Rev.Genet. 2010. 44:293-308
• レアバリアント(マイナーアレルが<5%, <1%,further less)
• Multiple rare variant(MRV) hypothesis vs. Common disease common varinat hypothesis
  • 複数の、比較的寄与度の強いレアバリアントが疾患リスクを構成している。個人は、このうちのいくつかを持つことでリスクが上がっている
• Common diseases におけるMRVの寄与に関する実例紹介
• LD mappinng はレアバリアントに不向き
  • LDでタグマーカーを取り出せない
• 解析方法３分類
  • multiple univariate single-marker tests
  • multiple-marker tests
  • collapsing methods
• バリアントの絞り込み
  • 「らしいバリアント」のみを使う：Bioinfomatics 予測(PolyPhen SIFT)
• multiple univariate single-marker tests
  • SNPのそれと同じこと
  • Multiple testing 問題
• multiple-marker tests
  • Fisher's method
  • Hotteling's
  • Allele freq.の低さの影響を受けるのはunivariate tests と同じこと
  • MDMR: multivariage distance matrix regression
  • KBAT: kernel-based association test
• collapsing methods
  • 個々のレアバリアントに着目せず、「レアバリアントを持つこと」というくくりにして解析
    • の枠、回帰の枠
  • CAST: Cohort allelic sum test
  • weighted sum test : groupwise association test
• Imputationの役割？