尤度計算に用いるアレル頻度

  • IdentifilerというDNA鑑定キットがある
  • 15個のSTRマーカーを使う
  • それの日本人のアレル頻度に関しては、J Forensic Sci. 50(3): 718-719の報告がある。ちなみにSTR頻度に関してこちらのサイトもある
    • 日本人2700ハプロイド(1350人)の情報である
    • これから、標本頻度としてアレル頻度を計算することもできる
    • 鑑定に用いるときには、(k+1)/(N+1)で代用する(kは観察アレル本数、Nは総観察本数)というやり方もあるそうだ
    • また、観察本数が5本未満のアレルについては、5本が観察されたとして(k+1)/(N+1)とする値を鑑定に用いることを推奨することもあるようだ。
  • Rで作っておこう
# AmpFlSTRIdentifilerの15 STR

Identifiler15<-c("D8S1179","D21S11","D7S820","CSF1PO","D3S1358","TH01","D13S317","D16S539","D2S1338","D19S433","vWA","TPROX","D18S51","D5S818","FGA")

AllelesId<-NULL
ProbsIDYoshidaN<-NULL
ProbsIDYoshidaFreq<-NULL
ProbsIDYoshidaFreq2<-NULL
AllelesId[[1]]<-c("7",9,10,11,12,13,14,15,16,17,18)
AllelesId[[2]]<-c("27",28,28.2,29,30,30.2,30.3,31,31.2,32,32.2,33,33.1,33.2,34,34.2)
AllelesId[[3]]<-c("7",6,9,9.1,10,10.1,10.3,11,12,13,14,15)
AllelesId[[4]]<-c("7",8,9,10,11,12,13,14,15,16)
AllelesId[[5]]<-c("12",13,14,15,16,17,18,19,21)
AllelesId[[6]]<-c("5",6,7,8,9,9.3,10)
AllelesId[[7]]<-c("7",8,9,10,11,12,13,14,15)
AllelesId[[8]]<-c("7",8,9,10,11,12,13,14,15)
AllelesId[[9]]<-c("16",17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28)
AllelesId[[10]]<-c("9.2",10.2,11,11.2,12,12.2,13,13.2,14,14.2,15,15.2,16,16.2,17.2,18)
AllelesId[[11]]<-c("13",14,15,16,17,18,19,20,21,22)
AllelesId[[12]]<-c("7",8,9,10,11,12,13,14)
AllelesId[[13]]<-c("10",11,12,13,14,15,16,17,17.1,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27)
AllelesId[[14]]<-c("7",8,9,10,11,12,13,14,15)
AllelesId[[15]]<-c("17",18,19,20,21,22,22.2,23,23.2,24,24.2,25,25.2,26,27,28)

ProbsIDYoshidaN[[1]]<-c(1,2,358,294,331,607,553,363,173,17,1)
ProbsIDYoshidaN[[2]]<-c(3,114,13,666,910,12,3,279,192,52,321,7,6,109,2,11)
ProbsIDYoshidaN[[3]]<-c(8,342,123,1,591,1,2,887,634,94,16,1)
ProbsIDYoshidaN[[4]]<-c(27,3,126,603,561,1130,186,48,14,2)
ProbsIDYoshidaN[[5]]<-c(5,2,78,1069,827,539,171,8,1)
ProbsIDYoshidaN[[6]]<-c(4,603,720,179,1076,94,24)
ProbsIDYoshidaN[[7]]<-c(3,721,348,310,597,546,138,35,2)
ProbsIDYoshidaN[[8]]<-c(1,5,955,531,505,482,196,22,3)
ProbsIDYoshidaN[[9]]<-c(23,263,429,564,285,40,136,396,291,166,78,23,6)
ProbsIDYoshidaN[[10]]<-c(1,3,10,2,109,14,776,81,944,238,137,310,14,52,8,1)
ProbsIDYoshidaN[[11]]<-c(1,524,72,497,763,609,199,27,7,1)
ProbsIDYoshidaN[[12]]<-c(1,1227,308,83,980,96,3,2)
ProbsIDYoshidaN[[13]]<-c(6,12,129,538,600,454,339,220,1,130,98,59,42,35,20,10,4,2,1)
ProbsIDYoshidaN[[14]]<-c(7,18,232,542,789,635,450,24,3)
ProbsIDYoshidaN[[15]]<-c(9,58,181,240,353,544,5,554,13,424,3,198,5,86,21,6)
for(i in 1:15){
	ProbsIDYoshidaFreq[[i]]<-ProbsIDYoshidaN[[i]]/sum(ProbsIDYoshidaN[[i]])
	ProbsIDYoshidaFreq2[[i]]<-(ProbsIDYoshidaN[[i]]+1)/(sum(ProbsIDYoshidaN[[i]])+1)
	ProbsIDYoshidaFreq2[[i]][which(ProbsIDYoshidaN[[i]]<5)]<-5/sum(ProbsIDYoshidaN[[i]])
}