次世代シークエンサーデータにまつわることのメモ(論文4)
- Trapnell, C. (2010). Nat. Biotechnol 28: 511-515.
- アプリ:Cufflinks
- この論文で示している方法のTopHat以降を実装したアプリ
- アプリ2:TopHat
- RNA-seq
- 既知transctipts vs. 未知transctripts
- 新規transcript discovery
- 新規transcipt variants
- 新規transcript start sites(TSSs)
- 新規splice isoforms
- transcript 定量
- シークエンス配列長(25bp vs. 75bp)
- paired/non-paired reads
- 発生上の時系列変化
- TSSs, splice isofroms
- splice junctionsの扱い
- Figure1 がこの論文の「核」