代謝調節ネットワークとグラフ的評価

  • 細胞生物学の基礎で、代謝経路のこと、そしてそれがネットワークをなしていること、その中で、反応の向きをアロステリック酵素等のスイッチ機構が役割を果たしていることを扱った(こちら)
  • 複雑なネットワークで重要な役割を果たしているかどうかや、ネットワークが同じ形かどうか、形が同じだとして、その性質(辺の特性など)がどのくらい似ているのか、ということが気になるだろう
  • たとえば、あるスイッチ的性質を持つ双方向性反応(どちらにも進みうる)があったときに、そのスイッチ機能が喪失する/減弱する/閾値が変化する、などとがネットワーク全体に及ぼす影響を定量的に表現するにはどのようにすればよいのだろうか
  • その影響の大きさが、その反応がネットワーク全体から見た「重要度」に擬せられるので、定量化は魅力的だ
  • ネットワークをグラフで考えれば、「グラフの類似性」とか、「グラフの違い」の定量とかの話題につながる
  • こちらの「グラフの類似性」に関する記事はずいぶんと古くなったが、ここで扱っている話題と関連して、「グラフの類似性」の評価方法として、何かしら、別の視点のものがほしいと思っている