ぱらぱらめくる『Nature Reviews Genetics 2011』8 GWASの結果を使う

  • 結果のインパク
    • Assessing and managing risk when sharing aggregate genetic variant data. David W. Craig, Robert M. Goor, Zhenyuan Wang, Justin Paschall, Jim Ostell, Michael Feolo, Stephen T. Sherry & Teri A. Manolio,p730 | doi:10.1038/nrg3067
  • 関連から機能性へ
    • Needles in stacks of needles: finding disease-causal variants in a wealth of genomic data. Gregory M. Cooper & Jay Shendure,p628 | doi:10.1038/nrg3046
    • 機能に関する情報を集める
      • 比較ゲノム
      • 構造予測・構造解析
      • アレル特異的実験
    • アミノ酸配列変化の機能影響強度の予測
      • MAPP
      • SIFT
      • PANTHER
      • MutationTaster
      • nsSNPAnalyzer
      • PMUT
      • polyPhen
      • SAPRED
      • SNAP
      • SNPs3D
      • PhD-SNP
    • 塩基配列変化の機能影響強度の予測
      • phastCons
      • GERP
      • Gumby
      • phyloP
      • SCONE
      • binCons
      • ChaiCons
      • VISTA
    • 実験による方法(High-throughput experimental assessment of variant function)
      • ENCODE (eQTL)
      • Synthetic promoter library
      • Phage display of protein domains
      • 遺伝子改変体オミックス