１細胞ゲノム解析

• 総説
• 「１細胞ゲノム解析」の手法の特徴を決める尺度
  • 細胞をより分ける方法
  • 処理細胞の数
  • 解析対象となる遺伝子の数
  • 検出に用いる技術
  • 対象となる細胞・組織・条件
• 色々な手法
  • FISH(mRNA fluorescent in situ hybridization)
    • 処理細胞数:100
    • 遺伝子数:3-4
    • 技術:蛍光ラベルしたmRNA
    • 条件など:固定組織・固定細胞
  • Flow cytometry
    • 処理細胞数:数千/時間
    • 遺伝子数:~18
    • 技術:細胞形状と発現タンパク認識抗体
    • 条件など:生細胞、ばらばら
  • Single cell qPCR
    • 処理細胞数:1-100
    • 遺伝子数:3^4
    • 技術:qPCR, mRNA/DNA比
    • 条件など:細胞は壊す、時間がかかる
  • Multiplex qPCR
    • 処理細胞数:数百-1000
    • 遺伝子数:96
    • 技術:qPCR, mRNA/DNA比,チップ
    • 条件など:細胞は壊す、時間がかかる
  • Sincle cell microarray
    • 処理細胞数:1-10
    • 遺伝子数:20000
    • 技術:アレイ上オリゴプローブのハイブリ
    • 条件など:細胞は壊す、non-coding region/alternative splicing variantsなども
  • Single cell sequencing
    • 処理細胞数:1-10
    • 遺伝子数:20000
    • 技術:並列シークエンシングとアセンブル、バーコード
    • 条件など:細胞は壊す、non-coding region/alternative splicing variantsなども