02 Chromatin patterns at transcription factor binding sites :駆け足でサーフする『ENCODE explorer (nature)』
- DHS(DNaseI Hypersensitivity Sites)(クロマチン構造が緩んでいるところ)が205,109箇所(セルライン平均)ある(FDR1% でポジティブ扱い)。ゲノムの１％くらい…(FDRで１％なのとこの１％なのとはたまたま？？)
- ヒストンメチル化のパターンはTF結合部位に関して非対称(TF結合部位より下流(コーディング域がメチル化度高い)
- これはTFでChIP-seqしたからとれたのがTF結合部位だっただけで、「転写のために緩んでいる場所」はTF結合部位・エクソンの部分を合わせた「遺伝子領域」とその前後ののりしろだから、と言うことなのでは…
- エクソン領域はさておき、TF結合域よりも上流のエンハンサー等の位置に相当すると思われるヒストンメチル化領域の位置は色々(エンハンサーの位置は転写開始点・TF結合サイトからの距離で定まるものではない、と)
- DHSはセルタイプごとに分布が大きく違う…転写のために緩んでいる場所が細胞の特徴を決めている…エピゲノム現象そのもの
- TFにはDHSに結合するものと、そうでないところに結合するものがある
- 緩んでいるところにユビキタスに結合するものは、大局的な制御因子であるか、もしくは、緩めばくっつく、というぼんやりしたもの。
- 緩んでいないところにくっつくものは、「くっついてはいるけど、転写は活発ではない」ということか。転写を抑える側に効いているかも
- 実際の転写量を入れて解析するのがよさそう
